【目的】通过对比分析缺血性脑卒中患者的急性期与恢复期全血转录组测序结果的差异性,探索缺血性脑卒中神经功能缺损改善的可能机制。【方法】采用纵向研究方法,纳入6名符合纳排标准的缺血性脑卒中患者,收集患者急性期与恢复期的全血并提取总RNA,对同一患者进行急性期与恢复期转录组测序,前后比较得到差异表达基因并进行GO分析和KEGG代谢通路分析。【结果】1.神经功能缺损改善患者恢复期与急性期全血转录组测序结果对比发现差异表达基因共290条,其中上调的有177条,下调的有113条。2.通过GO分析,发现差异表达基因的功能主要富集在细胞内外结构组成、线粒体呼吸链复合体、组蛋白去乙酰化的调节、核转录mRNA分解代谢过程、T细胞分化调节、先天免疫激活信号转导等方面。3.通过KEGG代谢通路分析,上调基因富集在Toll样受体信号转导途径、IL-17信号传导途径、NOD信号传导通路、NF-Kappa信号通路、MAPK信号通路、EB病毒感染、神经营养素传导途径、血管内皮生长因子信号传导途径等途径、溶酶体、鞘脂信号通路等方面;下调基因富集在核糖体、系统性红斑狼疮、酒精中毒、病毒致癌、DNA复制、蛋白质输出、亨廷顿病、氧化磷酸化、帕金森病、基底切除修复、甘氨酸丝氨酸和苏氨酸代谢、阿尔茨海默病、同源重组、嘧啶代谢、核苷酸切除修复、非酒精性脂肪肝等方面。【结论】缺血性脑卒中神经功能恢复主要与炎症、线粒体呼吸链组成、细胞分裂增殖、神经再生等通路相关。