基于肝细胞癌免疫相关的竞争性内源RNA网络构建长链非编码RNA预后模型

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研究背景从免疫调节的角度研究竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络并从其中筛选与免疫和肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)患者预后均有相关性的lncRNA用于构建预后模型的研究还很缺乏。因此,探索与免疫调节相关的特异性ceRNA网络并构建免疫相关的lncRNA预后风险评估模型可能会对HCC中肿瘤-免疫相互作用提供一些深入的见解。方法首先利用在癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的HCC样本与正常肝组织样本之间呈显著性差异表达并具有靶向关系的lncRNA、miRNA以及mRNA来完成HCC初始ceRNA网络的构建。在此基础上再通过筛选其中和免疫相关并具有靶向关系的3种RNA来进一步完成HCC免疫相关的ceRNA网络的构建。同时在与免疫基因具有相关性的基础上,再利用单变量Cox回归分析和LASSO Cox回归分析方法对初始ceRNA网络中与HCC患者预后相关的lncRNA进行识别,从而为HCC患者构建了一个由lncRNA组成的新型免疫相关的预后模型。使用R语言软件对此模型进行生存分析、富集功能分析、风险评分与免疫细胞亚群浸润丰度以及免疫检查点抑制剂相关基因表达量之间的相关性分析,再从预后模型中筛选出潜在治疗靶点进行肿瘤数据库、体外细胞和动物活体等生物功能实验分析。结果利用在HCC肿瘤组织与癌旁正常肝组织之间的表达呈显著差异并与免疫相关的59个lncRNA、21个miRNA以及26个mRNA构建出了一个HCC免疫相关的ceRNA调控网络。之后从HCC初始ceRNA网络里筛选出C10orf91、SERHL、LINC00491等11个与免疫以及HCC患者预后均相关的lncRNA组成了一个具有可靠的预测效能的免疫相关的预后模型,并可作为一个独立的预后预测指标。而免疫方面,此模型与多种肿瘤浸润性免疫细胞以及PD-1、TIM-3、CTLA-4等11个免疫检查点之间、免疫相关调节通路之间存在高度相关性。将预后模型中的LINC00491作为HCC潜在治疗靶点进一步研究,生物信息分析证明了其在预后风险评估方面的可靠性,并可作为独立的指标进行预后风险预测,与上述1 1个免疫检查点之间也存在高度的相关性,而体内外实验结果都表明敲减LINC00491可显著抑制HCC细胞的生长、迁移和侵袭能力。结论本研究在HCC ceRNA调控网络的基础上构建了与免疫相关的特异性ceRNA调控网络,可能有助于理解肿瘤-免疫之间的相互作用,并有助于发现对于HCC新的治疗干预措施。同时建立了一个具有良好预测效能的免疫相关的lncRNA预后模型,可能为临床医生在HCC的治疗中应用免疫治疗提供新的见解。该预后评估模型中的LINC00491不仅可作为独立的预测指标对HCC预后情况进行分析,还表现出与HCC生长、迁移、侵袭能力都高度相关,可作为HCC新的潜在治疗靶点。
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