基于胃癌基因差异表达谱及TCGA分析剪接体相关蛋白SNRPA1在胃癌中的表达及意义

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SNRPA1作为剪接体的重要剪接因子,已有研究报道其在结直肠癌和肝癌中高表达,但是在胃癌中的表达及相关作用机理尚未可知。本研究基于前期建立的胃癌差异基因表达谱和高通量测序结果筛选出特征基因SNRPA1,通过一系列的生物信息学分析,如表达水平、转录和突变分析、相互作用网络及临床基线资料分析,提示SNRPA1在包括胃癌等多种肿瘤中呈现高表达。通过构建SNRPA1慢病毒载体,在胃癌细胞系AGS中,采用CCK8、克隆形成等细胞生物学实验,证明干扰SNRPA1可以抑制人胃癌细胞AGS的生长增殖和集落形成。进一步,为了研究SNRPA1在胃癌发生发展中的生物学作用,利用转录组学测序分析SNRPA1干扰前后的基因差异表达模式,结果发现干扰SNRPA1后AGS细胞中CPA4、CST4、NPPB等基因高表达而MKI67、PRKDC、CDK6、SMG1、MDN1、SNRPA1、MCM8等基因低表达。通过通路富集分析发现干扰SNRPA1后AGS细胞中的细胞周期、Fox O信号通路、TGF-β信号通路和Erb B信号等信号通路发生了改变。这为进一步探讨SNRPA1对胃癌的发生发展以及作用机制奠定良好基础,SNRPA1或可成为治疗胃癌的新型特异性生物标志物。
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