预算既是部门的财务计划和部门最重要的政策文件，也是一个将公众意愿和公共资源转化为政策行动、促进政策目标实现的强力工具。我国从2000年开始实行部门预算改革，并逐步明确改革框架与主体内容，在促进提高预算的完整统一性、规范有序性、公正合理性、安全可靠性、科学有效性等方面，已经取得了一系列重要阶段性成效，如在预算编制方法上实现了由基数法向零基预算的转变、在预算编制程序上实行了“二上二下”的编制程序、在财政资金管理上实现了由分散支付向集中管理的转变、预算内外资金“两张皮”实现了向综合预算管理的转变。随着财政收入规模的逐步增大和公共财政框架的确立，我国部门预算管理已进入支出管理为重点的新阶段，人们对支出预算更加关注，对效能型政府的期望也越来越高，同时也对预算透明的要求越来越高。本文进行研究部门预算管理的两大理论基础是控制理论和委托代理理论，在此基础上，通过分析交通省本级2006年至2011年部门预算情况，得出部门预算改革以来取得的成效及存在的问题，并进一步思考和剖析产生这些问题的主要原因，最后提出了进一步完善部门预算编制办法，制定科学的定额标准，引入绩效预算；明确《预算法》的法律地位，调整预算管理机构的权利配置；规范政府财政行为，强化人大对预算的审查监督；细化预算编制，增强预算透明度等改进部门预算管理的相关措施和政策建议。