破产重整程序与清算程序不同,除了需要制定出一套公平清偿方案还需要帮助陷入危机的债务人企业重生。随着市场经济的发展重整程序的价值内涵也不断丰富,不仅重视债务人企业的重生和公平清偿全体债权人债务,还关注到重整程序对社会以及公共资源的影响。破产重整中存在债务人企业、债权人、战略投资人、企业职工等多方利益主体,其中实践中别除权人在重整程序中存在受到其他主体侵害其利益的风险。我国目前的《破产法》及其司法解释中与别除权人利益保障的相关内容较少,实践中在破产重整程序中别除权人也难以通过现有制度实现权利的救济。为了实现破产重整程序中对别除权人利益的全面保障,首先分析了别除权人在重整程序中存在的利益损害风险,并提出重整制度与别除权制度之间存在立法价值冲突。为了实现对重整程序中别除权人的利益的全面保障应当建立在多元化的重整目标的前提下完善相关制度,平衡别除权人与其他主体以及别除权人内部的利益冲突。通过对我国目前与重整程序中别除权人利益相关的制度规定进行梳理,分析出在别除权暂停行使、别除财产保全以及重整计划的制定与批准等制度中存在的不利于保障别除权人利益的诸多问题。然后通过对美国、日本、德国等域外相关法律经验的研究分析,提出了解决我国重整程序中别除权人利益保障不足问题的措施与办法。首先,分析了别除权的基础权利范围并强调应当根据不同的别除权区分适用别除权暂停制度。针对别除权暂停行使制度时间不合理的问题建议建立类保全管理令制度,提出了恢复行使别除权的举证责任应当倒置并完善中小企业别除权人恢复行使别除权的特殊情形。其次,针对别除财产保全制度不完善的问题提出应当分情形明确重整中别除财产毁损灭失的风险承担并建议应当明确重整中别除权的价值补偿和利息补偿。最后,提出应当赋予别除权人第二顺位的重整计划草案提出权并建议针对不同类型的债权人制定不同的重整计划通过比例规则,并且为了保障少数别除权人的利益提出应当对重整计划建立底线规则。建议完善强制批准制度对别除权人的救济,当重整计划延期清偿别除权时应当对别除权人的延期损失全部补偿,并且应当明确具体的救济方式。