村民自治权作为一项权利，是民主权利在农村地区有序运行的充分体现。随着村民自治的不断开展深入,村民自治权相关问题逐渐成为重要的研究课题。村民自治权的行使涉及村民生活的方方面面,引导着民主权利在农村地区的发展方向。但是,由于我国村民自治权在立法方面相关制度缺位、村民自身法律意识淡薄、政府运行体制不协调、农村地区存在地域特殊性等问题导致村民自治权难以正常运行。这些问题的出现，主要原因在于我国村民自治权在立法方面的不完善、村民权利意识的淡薄、压力型体制下农村治理中乡镇政府职能的扭曲、职权范围模糊导致的“两委”矛盾以及宗族势力的干扰等。而解决这些问题，首先，需要在立法层面理顺法律渊源，完善村民自治的法律体系；完善宪法，加强宪法对村民自治权的保护；完善《村民委员会组织法》；完善村民自治地方法规规章；完善村民自治的法律责任制度和权利救济制度。其次，在完善村民自治权保障机制方面，还应当有针对性地解决一些具体问题，包括提高村民对自治权利的认知水平、改革政府体制中不合理的成分、明确村干部在村民自治中的地位、创新“两委”体制、完善民主监督机制以及在条件成熟时制定《村民自治法》。