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在RNA中存在多达100多种不同的化学修饰。RNAm6A甲基化是mRNA和lncRNA中最丰富的修饰,主要存在于RRACH(A是被甲基化的碱基;R代表嘌呤;H为非G的碱基)的保守序列中,并且在3UTR富集。RNAm6A在进化上很保守,在病毒、细菌、酵母、植物、线虫、果蝇、小鼠、人类等物种的mRNA中大量存在。RNAm6A参与的生理功能在分子、细胞,以及组织与系统层面都有涉及。RNAm6A主要由三类蛋白调节,分别是writer(“编码器”)、eraser(“消码器”)和reader(“读码器”)。Writer是一个多蛋白大型复合物,其中METTL3、METTL14形成二元复合物行使主要的催化功能,其他蛋白参与调控作用。Eraser蛋白包括FTO和ALKBH5,负责m6A的去甲基化;Reader蛋白主要包括YTHDC1、DC2和YTHDF1、DF2、DF3家族,负责m6A的识别和RNA的命运决定。
本文致力于RNAm6A修饰被甲基化过程的分子机制研究。在本文之前,我们已解析人源METTL3-METTL14的甲基转移结构域(methyltransferasedomain, MTD)的复合物晶体结构。但是,活性实验证明该复合物没有甲基转移活性。生物信息学和进化分析表明,在METTL3的MTD前存在两个串联的CCCH型Zincfingerdomain(ZFD)。实验证明,在MTD复合物基础上加上ZFD结构域,就能完全回补全长复合物的甲基化活性,说明ZFD在全酶复合物中的作用不可或缺。此前对于ZFD是如何调控METTL3-METTL14复合物活性的分子机制并不清楚。
本文通过核磁共振(NMR)、小角散射实验(SAXS)、等温滴定量热(ITC)、Sortase蛋白连接等生物化学和生物物理学方法,解析了人源METTL3ZFD的溶液结构。我们发现ZFD在调节METTL3-METTL14复合物活性的过程中扮演着targetrecognitiondomain(TRD)的角色。ZFD表面的一些正电荷和疏水性氨基酸参与了与底物RNA的相互作用。在催化过程中,ZFD通过与底物RNA的相互作用,将“抓获”的RNA送入MTD催化口袋,然后迅速释放,并回到原来的位置继续“抓捕”。ZFD与底物RNA的弱相互作用有利于RNA释放。总之,我们的研究为此后进一步阐明RNAm6A的催化机制奠定了的基础。
本文致力于RNAm6A修饰被甲基化过程的分子机制研究。在本文之前,我们已解析人源METTL3-METTL14的甲基转移结构域(methyltransferasedomain, MTD)的复合物晶体结构。但是,活性实验证明该复合物没有甲基转移活性。生物信息学和进化分析表明,在METTL3的MTD前存在两个串联的CCCH型Zincfingerdomain(ZFD)。实验证明,在MTD复合物基础上加上ZFD结构域,就能完全回补全长复合物的甲基化活性,说明ZFD在全酶复合物中的作用不可或缺。此前对于ZFD是如何调控METTL3-METTL14复合物活性的分子机制并不清楚。
本文通过核磁共振(NMR)、小角散射实验(SAXS)、等温滴定量热(ITC)、Sortase蛋白连接等生物化学和生物物理学方法,解析了人源METTL3ZFD的溶液结构。我们发现ZFD在调节METTL3-METTL14复合物活性的过程中扮演着targetrecognitiondomain(TRD)的角色。ZFD表面的一些正电荷和疏水性氨基酸参与了与底物RNA的相互作用。在催化过程中,ZFD通过与底物RNA的相互作用,将“抓获”的RNA送入MTD催化口袋,然后迅速释放,并回到原来的位置继续“抓捕”。ZFD与底物RNA的弱相互作用有利于RNA释放。总之,我们的研究为此后进一步阐明RNAm6A的催化机制奠定了的基础。