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水稻许多重要农艺性状都是数量性状，水稻遗传改良的大部分工作就是改良这些数量性状。1980年以后，随着分子标记的出现，水稻高密度遗传连锁图谱的大量绘制，各种作图群体的迅猛构建，功能强大的各种统计学软件的快速开发，全基因组序列测序的完成，特别是多个QTL精细定位和先后克隆，使得我们对数量性状的认识得到了长足的进步，QTL的研究正在走进新时代。 本研究利用一个大穗亲本HR5和Zhenshan 97构建的重组自交系（F6和F7代），分别在2001年和2002年进行了完全随机区组设计的田间实验，考察了单株产量和其构成因子，株高、抽穗期和剑叶相关性状等13个性状的表型值，结合各性状的表型值和分子标记数据，剖析了各性状的遗传基础（包括QTL和上位性分析），并对目标性状每穗颖花数、每穗实粒数、千粒重和株高四个性状构建了近等基因系。主要结果如下： 1．对该重组自交系群体（190个系）构建了遗传连锁图谱，该图谱包含263个SSR标记，14个连锁群，图谱总长1559.8 cM，相邻标记平均遗传距离为6.4 cM。标记顺序与已经发表的图谱相比有很好的一致性。 2．利用复合区间作图法对各性状进行了QTL定位，QTL数目因性状不同而异。其中每穗实粒数定位的QTL最多，达到8个。对于目标性状每穗颖花数，2001年和2002年分别检测到4个和5个，两年重复检测到1个QTL。对于每穗实粒数，2001年和2002年分别检测到6个和5个，两年中重复检测到3个QTL。 3．二位点上位性检测发现，所有的性状都检测到了上位性互作效应，这进一步证明上位性互作是数量性状遗传的基础之一，单个互作遗传效应小，但互作对数多，例如，对于每穗颖花数，检测到10对双位点互作对，可解释表型变异为13％。所有QTL和互作对与环境的互作效应较小。 4．采用了高世代回交的程序，根据重组自交系群体初步定位的结果，构建了以珍汕97为遗传背景的每穗颖花数和每穗实粒数的四个系列近等基因系。这四个系列近等基因系的靶QTL分别位于第1、第2、第3和第7染色体上。近等基因系分离群体里，QTL检测的LOD值明显变大，QTL的贡献率显著提高。这不仅证实了重组自交系群体的初步定位结果，而且在近等基因系背景下，对靶QTL的效应进行了更为准确的评价。其中第7染色体靶QTL近等基因系后代测验符合单个基因孟德尔因子的分