牦牛（Bos grunniens）是青藏高原地区的主要畜种,是高原人民赖以生存的重要生产资料和生活资料,但牦牛繁殖力低,脑垂体对其发情周期的调控分子机制还不清楚。因此,本研究采集卵泡期与黄体期麦洼牦牛垂体前叶组织分别构建文库,应用Hi Seq^TM2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析,比较卵泡期与黄体期牦牛垂体转录组及mi RNAs的差异。（1）牦牛卵泡期与黄体期垂体转录组比较分析。卵泡期与黄体期垂体Clean Reads分别为55 386 722条和60 942 518条,有83.71%和84.89%比对到牦牛参考基因组序列上。卵泡期与黄体期脑垂体分别有9 988个和14 093个位点存在单核苷酸多态性（SNP）。以│log₂Fold change│≥1且错误发现率（FDR）≤0.01为筛选标准筛选差异表达基因（DEG）,结果表明相对于黄体期,卵泡期脑垂体有439个上调DEGs,198个显著下调DEGs。这些DEGs的GO功能主要富集在生物过程、细胞组分和分子功能3大类,KEGG注释结果表明,DEGs涉及254条通路,其中显著富集25条。（2）牦牛卵泡期与黄体期脑垂体mi RNAs比较分析。将牦牛卵泡期与黄体期垂体的Hiseq测序结果与mi RBase数据库比对,获得牦牛卵泡期和黄体期垂体Clean Tags分别为18 912 162条和17 393 029条。相对于黄体期,牦牛卵泡期脑垂体有34条下调mi RNAs和20条上调mi RNAs。共预测到172 772条靶基因。靶基因主要富集在生物过程、细胞组分和分子功能三部分,涉及326条通路,其中显著富集8条。综上所述,本研究首次利用RNA-Seq技术分析了牦牛卵泡期与黄体期脑垂体转录组及mi RNAs,揭示了两个阶段DEGs和差异表达mi RNAs靶基因的数量、功能、分类和代谢通路,为研究牦牛脑垂体的生物学功能及其对发情周期的分子调控机制提供了理论基础。