富贵竹叶斑病病原的鉴定及病程相关蛋白基因的克隆

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富贵竹(Dracaena sanderiana)是我国一种重要的出口观赏类植物,随着富贵竹种植面积的扩大,富贵竹病害越来越多,造成了巨大经济损失。在富贵竹上发现一种危害严重的叶斑病。鉴定出此病害的病原物,对病害的防治具有重要的意义。过氧化物酶是广泛存在于生物体内的一类氧化还原酶。有多种类型的过氧化物酶,在植物体内具有多种重要的功能,参与植物的多种重要的功能,包括参与植物病害的抗性。本研究以富贵竹为研究对象,开展了富贵竹叶斑病病原的鉴定、病原菌全基因组测序分析及富贵竹过氧化物酶全长基因的克隆等研究。本研究的主要研究成果如下:(1)从广东、广西和海南的富贵竹叶斑病病害标本中,分离出3株细菌FGZ-ZJ、FGZ-NL和FGZ-HK。利用渗透接种证明了这3株细菌为富贵竹叶斑病的病原物。经鉴定为革兰氏阴性杆状细菌。经16S r DNA成功鉴定为斯氏泛菌(Pantoea stewartia)。进一步扩增斯氏泛菌gal E,pst C+pst S和glm S基因。将上述4个基因拼接在一起,与NCBI(national center of Bioinformation)已鉴定到亚种的全基因序列,构建多基因系统进化树,结果将3株细菌鉴定为P.stewartii subsp.indologenes。(2)对FGZ-ZJ菌株进行了全基因组测序分析。最终组装出3个序列,一个为细菌的基因组序列,另外两个为质粒的序列。基因组大小为4,982,863 bp,GC含量为53.54%,共预测得到4654个编码基因,12个假基因,8个规律间隔成簇短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)和2个原噬菌体。根据平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)将此菌株鉴定为P.stewartii subsp.indologenes。(3)利用过氧化物酶简并引物从富贵竹中扩增出1500 bp左右的片段,经克隆测序后,为2个部分过氧化物酶基因,分别命名为FGZ-POD-X1与FGZ-POD-X2。在此基础上,通过hi TAIL-PCR技术成功克隆出该基因的侧翼链序列。两次测序结果经过拼接得到一条长度为3419 bp的序列。将该序列在softberry中选择玉米基因序列,进行基因结构预测,预测结果显示,该基因包括4个外显子,含有转录起始位点和Poly A尾巴。同源性分析表明,该基因为过氧化物酶基因,表示成功克隆出富贵竹过氧化物酶全长基因,命名为FGZ-POD-X2FL。
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