目的:可变剪切(Alternative Splicing,AS)已成为肿瘤发展和微环境形成的关键因素。目前迫切需要对AS事件进行全面分析及探究其在乳腺癌(Breast Cancer,BrCa)中的临床意义。方法:本研究对来自993名BrCa患者的肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据使用转录组测序(RNA Sequencing,RNA-Seq)对AS事件进行全基因组分析。然后,在BrCa组织和癌旁正常组织之间确定差异表达的可变剪切(Differentially expressed Alternative Splicing,DEAS)事件,并对DEAS事件进行功能富集分析。同时,使用生物信息学工具构建DEAS事件亲本基因相互作用网络和剪接网络和剪切调节网络。基于总生存期(Overall Survival,简称OS)和无病生存期(Disease-Free Survival,简称DFS)运用比例风险回归模型(proportional hazards model,Cox模型)方法鉴定出独立预后风险因素。此外,探究了BrCa基于独立预后风险因素可能的分子分型,并分析了分型与临床,分子和免疫特征的相关性。结果:我们在BrCa中共检测到35,520个AS事件并确定了678个DEAS事件。DEAS事件的亲本基因在与BrCa和肿瘤免疫微环境有关的途径中显著富集,例如癌症通路(FDR=0.001),MAPK信号通路(FDR=0.001),ECM-受体相互作用(FDR=0.004),PI3K-Akt信号通路(FDR=0.005)。AS-SF调节网络表明剪接因子(Splicing Factor,SF)的表达与DEAS事件之间存在显着的相关性。进行逐步Cox回归分析得到13个和10个AS事件是OS和DFS的独立预后风险因素。无监督聚类分析显示基于AS的聚类与预后,分子特征和免疫特征之间存在明显的相关性。同时,发现高含量的CD8+T cells、NK cells与较好的预后相关。结论:基于独立预后因素的AS事件在BrCa无监督聚类分析中揭示了分子改变和免疫特征的内在关联性,cluster1亚型具有高含量的CD8+T cells、NK cells,并且与较好的预后相关。