生物活性肽广泛分布于自然界的各物种中,在调节大多数生物过程中起关键作用,通常都要经过前体蛋白质的剪切与修饰之后才具有生物学功能。大部分生物活性肽的序列长度都较短,但二硫键的存在使它们具有稳定的结构,而且它们通常与细胞表面的重要受体结合发挥作用。因此生物活性肽在生物学,工业和制药领域上都具有相当的应用潜力。生物活性肽重要的生理功能使其成为近几十年来的研究热点,越来越多的生物活性肽被发现和研究,很多数据库被构建来存储各种类型的生物活性肽数据,但是目前涉及到生物活性肽结构的数据库还寥寥无几。为了更好地研究生物活性肽,理解其结构与功能的关系,并进一步开发肽类药物,非常有必要构建一个生物活性肽结构数据库。本研究通过收集来自UniProt和PDB数据库中的数据构建了一个综合的生物活性肽结构数据库CBPS。目前数据库中总共有1314个生物活性肽以及对应的3835个实验测定的肽结构,根据功能的不同将它们划分为抗菌肽,激素,神经肽,毒液肽,细胞因子和生长因子等类别。并对每个活性肽都进行了详细的信息注释,包括物种、家族、功能、翻译后修饰以及理化性质等基本信息,和二级结构、三级结构以及结构域注释等结构信息。此外,还分析了数据库中生物活性肽的结构特点,如二硫键的类型以及是否具有胱氨酸结结构模体。为了更好的展示数据,采用LAMP(Linux+Apache+MySQL+PHP)框架构建了数据库网站,设计了对用户友好的界面和生动的信息展示页面。网站中不仅提供了数据浏览和查询功能,还提供了BLAST、序列映射、二级结构组分搜索以及三级结构比对等分析工具。这些工作为生物活性肽结构的研究提供了一个很好的平台。CBPS数据库网址:http://isyslab.info/CBPS。