目前,清代吐鲁番史的研究成果越来越多,是清代新疆地方史研究的不可分割的部分。鉴于现有的有关清代吐鲁番史的研究成果,大部分是清代前期清朝政府与准噶尔汗国之间的战争、屯田、额敏和卓家族等问题的研究。至于对吐鲁番厅的研究一般论著也有涉及,但对其进行比较完整的研究未见。因此,对吐鲁番厅如制度史方面展开研究有其意义。清朝统一了西域后,军府制及府县制、扎萨克制推行到了该地区。清朝政府在吐鲁番地区行政管理体制是扎萨克制和府县制并行,又接受伊犁将军府乌鲁木齐都统和陕甘总督的双重节制,军事和民政管理制度极为复杂。两种体制下老百姓的社会生活、经济发展水平不平衡,历史发展证明府县制比落后的扎萨克制优越。若干时期以后,郡县制度逐步扩大到吐鲁番盆地。结果,吐鲁番地区成为扎萨克制度消失最早的地区。清代吐鲁番厅是中央政府在特定的历史时期在吐鲁番这一特殊的地区实行的一种行政管理制度,它的建立是对当时的吐鲁番地区来说比较积极的。吐鲁番厅是吐鲁番地区各种管辖权的总汇之处,对清代吐鲁番厅的研究意图以吐鲁番厅为中心梳理有清一代吐鲁番地区的制度建设。清朝吐鲁番厅的设置时间乾隆四十四年(1779年)。清朝同治年间新疆暴乱,库车农民起义军占领吐鲁番后,清朝该地区的统治系统崩溃了。光绪年间左宗棠收复吐鲁番后迅速建立了善后局,吐鲁番厅也自然的恢复了自己的功能和善后局一起并存。这为建省后清政府该地区全面实行郡县制创造了良好的基础。从此以后,原来吐鲁番扎萨克郡王统治下的大部分老百姓解放“阿拉巴图”身份变成“自由人”了。社会生产力的变化直接影响本地区各方面的发展,清朝驻军先吐鲁番盆地实行扎萨克旗制,在辟展设置辟展办事大臣,1779年清朝把辟展办事大臣移到吐鲁番的广安城,设置吐鲁番领队大臣和吐鲁番厅。1864年库车农民起义军占领吐鲁番,清朝在吐鲁番的行政管理体制全面崩溃,左宗棠收复吐鲁番后建立善后局原有的吐鲁番厅并存在一起办理当地民政、善后事务,建省后吐鲁番厅升级为吐鲁番直隶厅,直至民国二年1913年撤厅设县。这都反映了吐鲁番厅行政制度演变的历史轨迹。