论文部分内容阅读
香猪是我国珍贵的微型地方猪种，具有纤维细、脂肪颗粒小、香味浓郁、早熟易繁等特点，是加工制作色、香、味俱佳的高质量肉品的优质原料。在采集香猪样品过程中，发现在贵州从江县天然分布的香猪群产仔数有明显的差异，是研究猪生长和繁殖调控的良好遗传材料。本文应用Illumina Porcine SNP60（60K）猪全基因组 SNP芯片对从江香猪全基因组的核苷酸多态性进行了系统的研究，并选取6个候选SNP位点进行大群体验证，获得的主要结果如下： （1）应用Illumina PorcineSNP60芯片对120份香猪和可乐猪基因组的SNP进行检测，经过严格的质量控制从120个样本中筛选出95个样本，从61565个SNPs中获得38102个SNPs。以香猪的产仔数为表型，用Plink软件中混合模型进行香猪最高产仔数性状 SNP全基因组关联分析，经过数据重排，以permutation校正后显著阈值为1.31E-6为界，共得到29个显著关联位点。对所有位点进行了生物信息学分析和注释。 （2）选取6个候选 SNP位点 CASI0003452、DIAS0001380、ALGA0071919、MARC0052565、 ALGA0045832和 rs326417166，采用等位基因特异PCR方法对候选位点的多态性变化进行群体研究。 （3）群体验证结果表明，香猪群体中 C452位点以 BB基因型为主，低产群的B等位基因频率明显高于高产群(p＜0.05)，两个香猪群体的B等位基因频率明显高于大白猪(p＜0.05)。r166位点在香猪产仔数低的群体中基因型以 AB型为主，等位基因以 B为主（P＜0.05）；在香猪仔数高的群体和大白猪中基因型以 AA型为主（P＜0.05），等位基因以 A型为主；A等位基因频率在香猪产仔数高的群体和大白猪中高于香猪仔数低的群体（P＜0.05）；与乳头数，三胎产仔数和三胎产仔数弱的正相关。D380位点，两个香猪群的A等位基因频率低于于大白猪，且与乳头数呈弱的正相关；香猪和大白猪群体中A919和M565位点没有多态性；A832位点两个香猪群 A等位基因频率明显低于大白猪(p＜0.05)。 （4）经测序证实 D380位点处于 C1GALT1基因外显子1中，属于同义密码子突变(GCC→GCU)，存在密码子偏好性，可能影响香猪C1GALT1基因的表达，可能与香猪的性早熟有关。 （5）经测序 C452和 r166位点位于 PDIA4基因内含子4中，生物信息学分析 r166位点通过 pre-mRNA剪接形成不同 PDIA4蛋白亚型，调控 ERα表达，使得ERα与下游相关基因响应发生改变，可能干扰ERα二硫键的作用影响卵母细胞成熟、受精及胚胎的早期发育等过程。