宣威肺癌蛋白质组学研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sysu_allan
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[目的]为了阐明宣威肺癌发病机理,开展宣威肺癌蛋白质组学研究,筛选出与宣威肺癌发病机制或可作为宣威肺癌预后因子的潜在生物标志物,改善宣威肺癌患者诊断治疗及预后评估。[方法]利用胰酶酶解的方法提取肺癌组织及配对的正常组织中的蛋白质,通过TMT标记的方法进行蛋白质组测序,并利用生物信息学软件进行蛋白质注释、亚细胞定位、差异蛋白筛选、GO富集、蛋白质互作网络等分析筛选目标蛋白。[结果]指定的差异表达量下(阈值设为FC值1.5),所有样本中,癌组织和癌旁正常组织的差异表达蛋白均超过100个,肺癌组织和肺正常组织中检测到下调蛋白数为193个,上调蛋白数为189个,共计总数为382个。基因本论分析结果显示上述中检测到的差异蛋白大多具有transport功能,是细胞膜等主要组分并发挥结合作用。KEGG信号通路富集分析发现Nitrogen metabolism(氮代谢)和Hematopoietic cell lineage(造血细胞系)等通路被显著富集到。[结论]通过生物信息学分析,每个样木我们至少鉴定到5991个蛋白质,其中癌组织与肺正常组织差异表达蛋白达到382个。GO富集分析结果提示:差异表达蛋白大多是一些具有转运功能的蛋白质,其中的低表达蛋白主要与Nitrogen metabolism等通路相关,而高表达蛋白主要与Hematopoietic cell lineage 等通路相关。通过与TCGA等数据库进行比较发现:氮代谢通路中的CA4基因的转录水平及蛋白水平均存在显著差异,且随着分期表达逐近降低,同时CA4基因还可以作为肺癌潜在的预后标志物。
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