冬虫夏草天然地分布在青藏高原3000-5000m的高山草甸区，在传统的中药领域有很长的历史。冬虫夏草菌是子囊菌界肉座菌目线性虫草科线性虫草属的一种病原真菌，其寄主为蝙蝠蛾科的幼虫。冬虫夏草菌是一种很著名和很有价值的虫草真菌。　　 来自中国的冬虫夏草模式标本不成熟，因此缺乏子囊和子囊孢子等重要微观形态的描述，这在很大程度上给这个物种的正确理解造成了困惑。为了澄清该物种的内容，从模式标本最可能的来源地四川省康定县采集的成熟标本被指定为附加模式标本。另外，我们还获得了活的、可培养的冬虫夏草菌作为ex-epitype。该研究描述了冬虫夏草和冬虫夏草菌的详细形态特征，包括宏观形态和微观形态。基于nrDNAITS和其他6个基因（nrSSU，nrLSU，tef1，rpb1，rpb2andtub）分别构建了系统发育树，结果显示附加模式和冬虫夏草菌EFCC7287的关系很近，拥有100％的支持度聚在一个分支，即属于线性虫草科的线性虫草属。该附加模式的特征与原始模式标本的描述基本一致，并提供了许多重要的形态学指标，例如子囊壳、子囊帽、子囊和子囊孢子等内容。附加模式标本的指定是合理的，它将取代冬虫夏草的模式标本，从而更清楚地解释什么是真正的冬虫夏草。　　 近年来，从青藏高原报道了许多虫草新种，如甘肃虫草、阔孢虫草、康定虫草、多轴虫草、尼泊尔虫草和老君山虫草，但是不同研究者对这些新种的理解不同。为了澄清这些物种与冬虫夏草的关系，我们需要从形态和分子两方面进行研究。本研究将多轴虫草的模式标本和老君山虫草的副模式标本与附加模式标本做了形态学的比较。结果证明，老君山虫草是冬虫夏草的同物异名。由于多轴虫草的模式标本不够成熟，因此缺乏许多重要的形态学特征，虽然其ITS序列和附加模式的ITS序列差异很小，但要想真正解决这些问题，重新对这些“新种”指定一份附加模式是一种更好的手段。　　 本研究基于9个基因（nrDNAITS，nrSSU，nrLSU，tef1，MAT1-1-1，MAT1-2-1，rpb1，rpb2andtub）研究了冬虫夏草菌的种内变异和遗传多样性，结果证明冬虫夏草菌存在明显的地域性和遗传分化，并支持张永杰等提出的林芝地区可能是冬虫夏草菌的起源地的观点。结果还发现在横断山脉东缘（云南西北部的老君山地区）和横断山脉与喜马拉山脉交界处，冬虫夏草菌存在着明显的遗传多样性。