民族院校是党和国家为解决我国国内民族问题而建立的综合性普通高等院校。其作为培养我国少数民族高素质人才、研究和展示我国民族理论和民族政策、传承和弘扬各民族优秀文化的重要基地,在我国高等教育中具有不可替代的作用。做好民族院校这一独特教育主体的行政管理改革,对于推进民族高校发展,提升我国高校行政管理整体效果都有着积极的意义。在现实中,民族高等教育虽然实现了跨越式发展,但质量意识仍有待提高,民族院校面临着一系列挑战,民族院校要走内涵建设和外延发展相结合的发展道路就需要通过高校行政管理改革来铺路。而在改革实践中,民族院校需要借鉴经验,保持特色。本文以新公共服务理论和现代大学治理思想为指导,以民族院校行政管理的特殊性为主线,重点就理论与实践脱节、官僚色彩浓厚、大学章程民族特色不明显、民族为本精神偏离方面分析问题的根源、提出相应对策,进而形成实用性的民族院校行政管理改革导向。