2016年,中共中央、国务院出台《关于稳步推进农村集体产权制度改革的意见》要求推进农村集体经济组织集体资产股份合作制改革。该意见与2020年农业农村部《农村集体经济组织示范章程（试行）》均规定新型农村集体经济组织采取经济合作社或股份经济合作社的组织形式,但对收益分配的规定较为简略。2021年实施的《民法典》在总则部分确立了农村集体经济组织特别法人地位,并在《物权编》规定由其代表农民集体行使集体所有权,但是并未涉及股份经济合作社收益分配的具体规定。股份经济合作社产生于集体资产股份化改革实践中,分为探索阶段、分区改革试点阶段以及目前的全面试点阶段。“股份化”是指对集体资产进行“折股量化”并由农民持有股份,其功能是一种收益分配的依据。作为《民法典》所确立的特别法人,股份经济合作社在收益分配上相较于营利法人、非营利法人及特别法人中的合作经济组织法人均有一定的特别性,体现为收益分配受益主体的身份性及收益分配规则兼顾公益性与私益性。由于法律的缺位,且政策规定具有宏观性的特点,在实践中各地对股份经济合作社收益分配采取的方式千差万别。这导致股份经济合作社收益分配受益主体,共享收益分配规则,分享收益分配规则以及收益分配保障机制方面均存在一定困惑。首先,在收益分配受益主体方面,目前集体成员的认定标准存在局限且认定主体也不明确。其次,共享收益分配方面,集体股的存废存在争议,公积公益金的提取规则也完善。再次,分享收益分配方面,集体新增人口无法平等分享收益且劳龄股的设置也存在分歧。最后,收益分配保障机制方面,内部关系上存在“一人一票”“一股一票”适用不统一,收益分配信息公示制度不完善的问题;外部关系上存在“政社不分”“村社不分”的问题。基于此,应以股份经济合作社收益分配上的特别性为逻辑起点,结合集体产权改革中的实践经验与理论研究成果,化解实践与理论中存在的困惑。首先,明确收益分配受益主体的认定,即以《农村集体经济组织法》制定为依托,健全收益分配受益主体的认定标准及认定主体。其次,完善共享收益分配规则,以遵从农民意愿为前提化解集体股设置的弊端,并完善公积公益金提取规则。再次,完善分享收益分配规则,即改进股权管理模式以保障新增人口平等分享收益,以及平衡集体所有权与成员贡献的冲突,合理设置劳龄股。最后,收益分配保障方面,一是健全收益分配内部保障机制,确立“一人一票”的表决方式,健全收益分配信息公示制度;二是健全收益分配外部保障机制,着重厘清“政社关系”“村社关系”。