多种微生物的环介导等温扩增检测方法的研究

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环介导等温扩增(Loop-Mediated Isothermal Amplification,简称LAMP),是一种恒定温度条件下对目标序列进行快速识别扩增的技术,利用具有链置换活性的Bst DNA聚合酶和4~6条特异性引物,在60~65℃下,15~60 min内完成整个扩增反应,具有高灵敏度和特异性。近年来LAMP技术已经被开发应用于各类型生物的核酸鉴定和检测领域,其衍生出的PE-LAMP、AS-LAMP等方法也在基因突变检测方向有诸多应用。本文基于LAMP技术的研究主要分为以下三个部分:1.针对金黄色葡萄球菌的LAMP检测。金黄色葡萄球菌广泛分布于自然界中,是造成人类感染的重要致病菌,随着耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的出现,金黄色葡萄球菌的药敏性检测成为了指导临床治疗及用药的关键。本文以LAMP技术为基础,建立了针对nuc基因为靶序列的金黄色葡萄球菌感染的快速检测体系,包括快速检测金黄色葡萄球菌感染的可视化LAMP法和对金黄色葡萄球菌药敏性检测的荧光LAMP法,检出限可达到1 pg/μL。可视化LAMP体系对41份临床样本的检测也显示出比传统鉴定法更高的灵敏度。同时利用药物培养后敏感或耐药菌株的生长差异,LAMP的扩增时间差异d T进行耐药性判断,建立了对金黄色葡萄球菌药敏性检测的荧光LAMP法,4 h左右可同时完成对菌株的鉴定和耐药性的初步推断。2.新冠病毒Delta变异株的LAMP检测。新冠病毒SARS-CoV-2自2020年爆发后,持续造成全球的疫情浪潮,其多种变异株的出现和传播也不断对感染人群的治疗和防控造成巨大的困难。目前对于新冠重要变异株缺少快速简便的分子诊断工具。本文以PE-LAMP技术为基础,通过识别N基因R203M突变位点建立了对于Delta变异株的RT-LAMP方法,利用突变和保守引物的Cq比值与阈值1.80比较来对变异株进行判别。通过对498份临床样本的双盲测试显示RT-LAMP法的准确率和特异性均达到100%。3.对布拉氏酵母的LAMP检测。布拉氏酵母菌属于酿酒酵母菌属的益生菌,具有治疗腹泻、提升免疫水平和调整肠道菌群的疗效。但布拉氏酵母因与酿酒酵母在基因序列上的过于相似而导致分型困难,对于布拉市酵母药物制剂的质量检测也缺少简单快速的分子鉴定手段。本文开发了两种快速检测方法,基于布拉氏对于己糖转运蛋白基因的缺失,建立了可视化LAMP方法间接分辨布拉氏与酿酒酵母;另外通过检测2μm质粒上布拉氏酵母的A5582→G突变,Cq值小于27的AS-LAMP扩增结果可确定布拉氏酵母的存在(DNA浓度0.01 ng/μL以上),获得对布拉氏酵母的快速鉴定。综上所述,本文利用LAMP及其相关衍生技术,分别构建了对于金黄色葡萄球菌、新冠病毒SARS-CoV-2及其Delta变异株、布拉氏酵母菌三种不同类型微生物的快速检测方法,并使用相应的临床样本和药物制剂进行了验证。
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