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目的：本文目的主要包括以下三个方面:1，确认肝细胞肝癌(hepatocellularcarcinoma，HCC)患者的肝癌组织及癌旁组织中缺氧诱导因子2α(hypoxia-inducible factor2α，HIF2α)的表达情况;2，构建HIF2α-VHL复合物的三维结构模型，分析HIF2α与希佩尔林道肿瘤抑制蛋白(von Hippel-Lindau，VHL)之间的相互作用以便深入了解HIF2α在体内降解时被VHL识别的过程;3，比较HIF2α-VHL复合物与HIF1α-VHL晶体结构(protein data bank，PDB)(PDB ID:1LQB)的异同，为未来基于HIF2α降解相关的蛋白质结构来设计靶向分子药物提供依据。 方法：提取64例肝癌组织、癌旁组织和2例正常肝脏组织中的DNA和RNA，应用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)方法对DNA中随机挑选的HIF2α基因3号、9号、12号外显子进行扩增，应用反转录PCR(reversetranscription-PCR, RT-PCR)方法合成cDNA，对cDNA中的HIF2α进行PCR扩增，扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳并观察结果;分别对肝癌组织、癌旁组织、正常肝脏组织用HIF2α抗体进行免疫组化染色，显微镜下观察并记录实验结果;HIF2α的氨基酸序列信息从UniProt数据库中获取，其结构域信息从Pfam数据库中获得，为获得用于同源性建模的HIF2α C-末端氧依赖降解结构域（C-terminaloxygen-dependent degradation domain，CODD）（第516-550位氨基酸）的结构，使用protein-protein BLAST(Blastp)和position-specific iterated BLAST(PSI-BLAST)工具在HIF2α CODD序列与PDB数据库中多个结构的序列之间进行相似性搜索。基于Blastp和PSI-Blast的结果，用ICM-Pro软件中的ICMmodeling程序对HIF2α CODD进行同源性建模，分析同源建模的结果，构建HIF2α-VHL初始结构模型;HIF2α CODD是HIF2α全长蛋白质的一部分，而其中的第527-542氨基酸又位于CODD的中间位置且在进化中高度保守，因此，对HIF2α-VHL初始结构进行分子动力学模拟，实验设计如下:HIF2α第527-542位氨基酸固定一段时间，先让两端的第516-526位和第543-550位氨基酸移动到相对合理的位置，然后，把第516-550位所有的氨基酸放开进行分子动力学模拟以获得最合理的结构。共设定4组条件，分别是:放开所有氨基酸，300K，32ns;放开所有氨基酸，310K，24ns;12ns固定部分氨基酸加44ns放开所有氨基酸，300K;28ns固定部分氨基酸加20ns放开所有氨基酸，300K。最终获得的结构与实验条件对应分别被命名为结构1-4。比较分子动力学模拟所获得的每个HIF2α-VHL结构，选取最合理的结构，使用美国国立研究院(national institutes ofhealth，NIH)结构分析和验证服务器(structural analysis and verification server,SAVES)中的PROCHECK和VERIFY_3D，以及应用QMEAN Z得分，对结构进一步评估验证。分析最终的HIF2α-VHL复合物结构并将其与HIF1α-VHL晶体结构(1LQB)进行比较。 结果：肝癌组织、癌旁组织和正常肝脏组织中，基因组DNA上的HIF2α第3号、9号、12号外显子和cDNA上的HIF2α经PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳后，凝胶图像上全部呈现明亮的电泳条带;HIF2α蛋白质主要存在于肝癌组织切片中肝细胞的细胞质中，HIF2α在肝癌组织、癌旁组织和正常肝脏组织中存在表达差异;经Blastp和PSI-Blast工具进行相似性搜索后，找到最合适的模板结构即1LQB的D链(HIF1α CODD)用于对HIF2α CODD进行同源性建模。用同源建模的方法成功建立HIF2α CODD结构，并建立HIF2α-VHL复合物的初始结构;四组分子动力学模拟结果表明，结构4是最优化的结构。结构4具有足够的稳定性，且其HIF2α上的第516-526位和543-550位氨基酸有长达28ns的限制性优化，随后的动力学模拟中，所有的氨基酸自由运动时间长达20ns。此外，结构4与结构2十分相似，结构2所用模拟条件为310K(37℃)，但对HIF2α的第516-526位和543-550位氨基酸却未进行充分的限制性优化。PROCHECK、VERIFY_3D和QMEAN Z得分的结果也进一步证明结构4具有合理性和可靠性;在结构4中，HIF2α CODD与VHL之间共存在27对相当稳定的氢键，涉及HIF2α上的17个氨基酸，VHL中的14个氨基酸，以及溶剂中的一个水分子，它们都对HIF2α-VHL复合物在整个分子动力学模拟中的稳定性做出重要贡献，且在最终的结构4中，HIF2α上共存在24个氨基酸与VHL相互接触。除1LQB中HIF1α上未被解析的第549-559位氨基酸之外，HIF2α-VHL与HIF1α-VHL之间的识别模式极为相似，都是以羟基化(Hydroxylation)脯氨酸(Proline)(HYP)被VHL识别为主，CODD内其他氨基酸被VHL识别为辅。HIF2α CODD与HIF1α CODD上其他能被VHL识别的氨基酸所发挥的作用也是相似但又存在细微差别的，尤其是HIF2α上第535-538位氨基酸和与其对应的HIF1α上第568-570位氨基酸之间，存在一些明显的差异。VHL蛋白质上分别参与捕获HIF2α或HIF1α(1LQB)的氨基酸也存在相当多的重叠和细微差别。 结论：本研究，一方面进一步确认了HIF2α在肝癌组织、癌旁组织和正常肝脏组织中存在的表达差异。另一方面，应用同源建模和分子动力学模拟的方法，首次成功构建了稳定的HIF2α-VHL复合物结构并将其与HIF1α-VHL晶体结构(1LQB)相比较。研究结果使人们更加深入的了解HIF2α在降解过程中被VHL识别、捕获的结构，并提示我们可能能够通过突变重要的氨基酸来设计HIF2α降解相关的药物分子，以改变HIF2α的水平或间接影响HIF2旺下游相关靶基因的表达，从而治疗肝癌或其他相关疾病。