随着农村经济的迅速发展，农村金融需求呈现出多元化、层次化的特点，单一滞后的金融供给模式越来越难以满足农民对金融服务的需求。农村商业银行作为农村金融的主体，一直沿袭着“部门银行”的管理模式，存在着部门割裂流程、管理层次叠加、风险管理缺位等弊端。因此，对我国的农村商业银行进行流程银行建设成为一项必要而紧迫的任务。本文区别于以往单一的研究视角，从系统理论和流程银行的视角，综合分析了农村商业银行的运行机制，重点进行了农村商业银行以客户为中心的营销机制和全面风险管理机制的构建。本文在回顾相关研究成果的基础上，首先基于耗散结构理论，结合流程银行的特点对农村商业银行的运行机制进行了分析与设计；其次，基于企业价值链思想，对农村商业银行的差异化营销机制进行了构建；最后，立足于流程银行的相关理论，分别从风险管理的公司治理机制、风险管理的预警机制及绩效考核机制等方面，对农村商业银行的全面风险管理机制进行了规划，并结合BH农商行进行了实证分析，对流程银行视角下农商行运行机制的优化提出了相应的对策与建议。本文的完成是流程银行的相关理论与农村商业银行实践相结合的一次尝试。随着农村商业银行在农村金融中的地位不断提高，以及信息技术的发展，本文在流程银行的视角下，提出的某些对策与建议将有机会付诸于实践。通过流程的优化，组织和文化的再造以及机制的创新来提高农村商业银行的竞争力，仍是一个值得期待的、可行而有意义的方向。