现有《公司法》对有限公司股权转让的规定过于原则,特别是在公司并购和资产转让的相关规定中,不能适应市场经济快速发展和司法裁判的需要。本文以司法实践中产生的有限公司股权转让和资产转让混同纠纷法律问题为研究对象,总结司法实务中关于公司股权转让和资产转让混同所产生的诉讼难题进行梳理研究,以案例实证分析与原理阐释相结合,对现有法律规范和理论予以梳理总结,并在此基础上从制度完善、司法裁判和商事实践三个方面提出解决这一问题的建议。本文的正文共分为五个部分:第一部分主要采用实证研究的方法,对公司股权转让和资产转让混同问题的现状进行梳理。通过总体诉讼情况和具体诉讼难题等方面的实证分析,归纳法院审判焦点得出当前市场经济实践中在公司股权转让和资产转让混同方面所出现的问题:一是公司股权转让和资产转让混同合同性质难以界定,对公司股权转让和资产转让混同纠纷案件各地、各级法院审查根据所包含的标准不清晰,尚无明确统一的裁判适用规则和指导意见,且在实践中基础理论和裁判逻辑不相一致,导致了合同性质解释和司法实践的困难,影响了对股东、法人和其他利害关系人的权利保护;二是公司并购和营业转让交易是发生股权转让和资产转让的主要领域。第二部分主要对公司股权转让和资产转让混同的原因进行分析。通过理论和实证分析,总结出如下原因:在计划经济到市场经济的快速转变中,传统的民事交易理念不能适应商事交易复杂专业的需求;《民法典》时代的各项法律制度不断完善,但商事法律制度供给仍然不能满足我国市场经济快速发展的立法需求;司法实践中,公司股权转让和资产转让混同案件尚缺乏统一的裁判适用规则和指导意见。第三部分主要研究公司股权转让和资产转让混同合同界分的理论解释路径。从传统财产法理论、合同法、公司法的基础理论层面来研究如何更好的界定公司股权转让和资产转让混同合同的性质,为司法实践中更好的解决公司股权转让和资产转让混同合同性质和效力问题提供参考。第四部分主要研究公司并购和营业转让两种情境下的公司股权转让和资产转让混同问题。在对我国公司并购和营业转让制度现状进行梳理总结的基础上,对公司并购和营业转让中的公司股权转让和资产转让混同情形进行研究,提出解决股权转让和资产转让混同问题应当完善公司并购和营业转让制度。第五部分主要论述解决公司股权转让和资产转让混同问题的建议。从立法制度完善、司法实践和商业实践三个方面,提出修改《公司法》建立公司并购和营业转让制度,统一裁判规则、发挥检察机关民事检察类案监督监督职能,完善社会公共服务供给和公司合规治理的建议。