作为我国社会主义高等教育事业的重要组成部分，民办高校的改革发展在整个高等教育改革体系中越来越受到关注。通过改善硬件设施，扩大办学规模，提高办学水平，民办高校不断提升自身的软实力，努力增强自身的竞争力。基于民办高校自身条件的限制或称“先天不足”，使得教育行政部门对民办高校的管理不可缺位。其中，省教育行政部门对民办高校的绩效管理是政府对民办高校管理中的关键环节，直接关系到民办高校的科学发展和未来走向。基于此，本文围绕省教育行政部门对民办高校实施绩效管理这一命题进行了研究。本研究结合我国民办高校的发展进程，首先从对省教育行政部门对民办高校的管理分析入手，即对省教育行政部门对民办高校实施绩效管理的必要性进行了阐释，并对省教育行政部门对民办高校实施绩效管理的现状进行了考察。接着，在上述分析和考察的基础上，结合民办高校的实际运行情况，将省教育行政部门实施绩效管理的方法引入到其对民办高校的绩效管理领域，在省教育行政部门对民办高校实施的现行绩效管理办法的基础上，探讨了省教育行政部门对民办高校实施绩效管理的体系建构问题，诸如：如何建立民办高校绩效考核软、硬指标体系，绩效考核结果对民办高校的宏观调控作用，对民办高校规范化、健康化、优质化、可持续化发展的引导作用等。最后，针对如何强化省教育行政部门对民办高校实施绩效管理的管理体系的运行提出了改进对策和建设路径。