作为中国共产党领导下的工人阶级组织,中国工会的建设始终紧密联系党和政府,是党联系职工群众的桥梁和纽带。在我国,不同性质的工会在发展中存在着诸多的差异,政府机关工会和国有企业工会虽然都需要履行工会的功能,它们有共同点,但是也存在着不同的地方。本文重点围绕政府机关工会和国有企业工会进行比较研究,从功能、结构、运行三个方面展开比较,发现问题,提出政策建议。功能方面,政府机关工会和国有企业工会的相同点,都有四大功能:维护、建设、参与、教育。政府机关工会与国有企业工会功能的差异,主要是体现在功能的强度上,经过三家政府机关与三家国企工会功能的研究分析,政府机关由于是政府单位,在参与和教育职能上作用明显。在国有企业,维护的职能体现得更为明显。维护职工的合法权益成为企业工会的首要任务和基本职责。结构方面,政府机关工会的组织结构是典型的官僚组织结构形态,权力分工都按照一定的“程序”进行。国有企业工会相比较之下在组织结构上“扁平化”很多,在组织效率上更加高效。原因是主体性质不同,政府机关是行政单位,在国家行政体系里,需要按照组织要求进行权利的分配,体制内的人需要遵守此秩序。国有企业是企业主体,国有企业工会的结构要以服务企业为中心,做到工作安排的合理化和效益的最大化。运行方面,政府机关工会和国有企业工会相同点都是需要在上级主管单位的统一指挥下安排工作。差异点在于政府机关工会的运行比较单一,这是由政府体制决定。国有企业工会在运行上要服务于企业经营,以促进企业经济发展,管理进步为主要目的。在新时期,工会发展存在四个方面的问题:一是工会的组织机制不健全。二是工会的流程不能适应时代发展。三是工会的干部素质不高。四是工会的工作方法比较落后。针对此情况,分别从政府机关工会和国有企业工会方面提出建议,政府机关工会需要加强机制改革创新和工作效率提升;国有企业工会需要进行运行流程优化和功能作用完善。