一种DNA:RNA杂交体识别因子的全基因组R-Loop原位检测技术

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R-Loop是一种独特的三链染色质结构,不仅参与多种重要的生物学过程,例如基因的表达调控,染色质结构状态,DNA损伤修复等,并且R-Loop的调控失调与多种人类疾病息息相关,包括乳腺癌,神经退行性疾病还有骨髓增生异常综合征等。准确而全面地分析基因组中的R-Loop对于研究其在生理和病理条件下的功能至关重要。然而,现有的方法在R-Loop的映射上存在较大的差异,因此迫切的需要提供一种独立的策略。在这份研究中,我们构建了一个带有RNase H1杂交结合域(HBD)串联重复序列的DNA:RNA杂交体识别蛋白GST-His6-2XHBD,发现它不仅能在体外与DNA:RNA杂交体特异性的结合,并且利用DRIPc-seq策略捕获到的信号与目前S9.6单克隆抗体检测到的R-Loop信号高度相似。我们进一步的将GST-His6-2XHBD和S9.6与基于Tn5的靶向切割和标记方法相结合,建立了一个新的独立的R-Loop全基因组定位方法R-Loop CUT&TAG。与之前的R-Loop定位方法相比,R-Loop CUT&TAG捕获到的R-Loop信号显示出更高的特异性,并能在基因体和增强子区域检测到瞬时形成的R-Loop。我们的结果证明R-Loop CUT&TAG是一种高特异性的,可重复的,并且操作简便的高分辨率体内原位R-Loop捕获方法。此外,GST-His6-2XHBD和S9.6抗体具有相同的R-Loop CUT&TAG图谱,但不同于它们的DRIPc-seq信号,这说明不同R-Loop定位方法产生的R-Loop图谱的差异主要是因为不同的R-Loop捕获策略所导致,而不是识别因子本身。总结来看,我们的研究不仅为天然R-Loop的全基因组分析提供了一种全新的独立策略,而且有助于解决多种R-Loop定位方法之间存在的差异。
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