河口湿地是河流生态系统与海洋生态系统之间的生态交错带，咸淡水交汇，陆海相互作用剧烈，类型多样。同时河口通常也是人口稠密、社会经济发达的地区，受人类活动和自然灾害影响巨大、生态环境脆弱。本研究在珠江口珠海市淇澳岛红树林保护区内选定了3种不同类型的湿地：狐尾藻(Myriophyllumverticillatum)湿地是典型的沉水植物池塘型湿地；芦苇(Phragmites australis)湿地是典型的挺水植物河流型湿地；秋茄(Kandelia candel)是典型的红树林沼泽型湿地。通过2007年1月～2009年12月3年时间调查了各湿地中浮游与底栖原生动物的种类组成、季节变化和生态分布特征。这些研究将有助于加强对河口湿地环境中原生动物群落特征与演变规律的了解，为水环境评价及保护基础资料与生物学依据。　　 通过对浮游原生动物群落的调查，共发现纤毛虫225种，分属11纲30目62科86属；鞭毛虫152种，分属2纲16目30科60属；肉足虫66种，分属3纲5目37属以及部分未定关系种。平均种类数纤毛虫∶鞭毛虫∶肉足虫≈3.4∶2.3∶1。纤毛虫密度在1～600 ind.mL-1间，平均丰度芦苇湿地＞秋茄湿地＞狐尾藻湿地；鞭毛虫密度在80～20800 ind.mL-1间，平均现存量秋茄湿地＞芦苇湿地＞狐尾藻湿地。Margalef多样性指数不高，但2009年比2008年有所上升；纤毛虫在0.225～3.02之间，鞭毛虫在0.07～1.70之间，狐尾藻湿地的原生动物多样性最高。各湿地样点间的区系相似性均属较不相似到较相似之间，纤毛虫在同为静水的狐尾藻湿地与秋茄湿地间最为相似，鞭毛虫在水流相通的芦苇湿地与秋茄湿地间最为相似，而肉足虫则在狐尾藻湿地与芦苇湿地间最为相似，秋茄湿地中有根大比例的“特有种”。原生动物各大类群的功能营养类群，均以食菌和碎屑者占最大比例；纤毛虫中的食藻者与捕食者、鞭毛虫中的光合自养者以及肉足虫中的食藻者也占重要地位。并发现纤毛虫的种类组成随季节变化而有所改变，可能存在垂直迁移。浮游原生动物类群主要受温度与盐度的调控，在短时间内种类组成、密度等可剧烈变化，以及时适应复杂多变的河口环境。　　 通过对底栖原生动物群落的调查，共发现纤毛虫132种，分属11纲27目48科63属；鞭毛虫78种，分属2纲10目30属；肉足虫74种，分属4纲6目50属以及一些未定关系种。纤毛虫和鞭毛虫的种类数底栖少于浮游，而肉足虫的种类数则相反。平均种类数纤毛虫∶鞭毛虫∶肉足虫≈1.8∶1.1∶1。相关性分析发现底栖纤毛虫种类数与底泥的pH成反比；与有机质含量成正比；与鞭毛虫丰度成反比。底栖鞭毛虫丰度在273～23030 ind.·g-1之间，平均为3995 ind.·g-1，狐尾藻湿地＞芦苇湿地＞秋茄湿地；肉足虫丰度在9160～230300 ind.·g-1之间，平均约61797 ind.·g-1，秋茄＞狐尾藻＞芦苇。多样性指数鞭毛虫在0.10～1.43之间；肉足虫在0.08～0.64之间，相关性分析发现水DP、TP和TN与底栖肉足虫多样性指数负相关。底栖类群之间的区系相似性普遍小于浮游类群之间，鞭毛虫群落在秋茄湿地与狐尾藻湿地间最为相似，肉足虫群落在狐尾藻与芦苇湿地之间最相似。功能营养类群分析发现，食菌和碎屑者在底栖原生动物各大类群中仍占据首位；但与浮游类群相比，纤毛虫中肉食者比例增加；鞭毛虫中光合自养者比例减小；肉足虫中食藻者比例增加。底栖原生动物类群种类组成和丰度变化较浮游类群稍为平稳，主要受食物密度、水体和底泥营养元素的调节。　　 论文还讨论了珠江口湿地常见的赤潮原生动物。