我国自2018年新一轮机构改革实施以来,各级行政事业单位进行资源重组,内设机构、人员配置、岗位职责发生相应变化,内部管理问题愈加突出,机构改革对行政事业单位的内部控制提出了挑战。而今机构改革已进行近4个年头,各地政府机构在内部控制建设上聚焦于制度设计,而缺乏对内部控制效果的评价。在此背景下,本文以W市场监督管理局为研究对象,对其内部控制有效性评价进行研究,以期通过此研究引起对政府部门内部控制评价的关注。市场监督管理部门作为机构改革的代表单位,由原工商、食药监、质监三局合一。鉴于其在行政事业单位中服务群体最为广泛、日常矛盾最为突出、内部体系最为庞杂的特点,本文据此选取了W市场监督管理局作为内部控制有效性评价的研究对象。首先通过文献梳理,本文对行政事业单位内部控制有效性分析的基本理论和方法选择进行了总体概况。其次立足于财政部2014年起实行的《行政事业单位内部控制规范（试行）》,结合访谈与实地调查情况,依据内部控制内部环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、评价与监督的框架,概括出案例单位W市场监督管理局的内部控制现状。然后采用了定性评价的方法深入分析W局内部控制中存在的问题,再采用了定量评价的方法,选取层次分析法和模糊综合评价法得出量化评价结果,最后对评价中反映出的缺陷提出优化建议。研究发现:W局内部控制总体情况较好,但仍存在部门业务权责不清晰、风险处置全局意识不强、预算编制方面随意性较大、信息化建设不健全且内部沟通不畅、内部监督缺乏独立性等问题。本文据此提出相应对策建议:细化部门业务权责、提升全局风险意识、强化预算编制控制、健全信息化建设与沟通机制、强化评价与监督等。行政事业单位是履行国家职能的责任主体,其内部控制的发展与完善是一个缓慢的过程。如何更好地实现政府组织的内部控制还需要相关学者在未来开展大量的实证研究,希望本文对行政单位内部控制有效性评价的案例研究能为其他单位提供借鉴意义。