中国荷斯坦奶牛作为中国奶牛养殖的主要品种,具有重要的经济地位和发展前景。血液生化成分主要包括了血液中各项血细胞、激素与离子等成分,这些成分对维持奶牛各项生理活动、促进生产与防治疾病等方面都具有重要意义。全基因组关联分析（GWAS）的快速发展与应用,将畜禽重要经济性状的研究推上了一个高峰,快速确立了相关性状的关联性位点,推进了对优良性状的遗传因素探索。为了能够更好的探究中国荷斯坦奶牛血液生化成分的变化机制,我们将对影响中国荷斯坦奶牛血液生化成分的胎次、年龄和产奶天数等常见因素进行分析,并对主要生化成分进行了全基因组关联分析,探究其背后的遗传机制。同时为了避免全基因组关联分析结果的假阳性出现,采用了一种优化求解的算法——Farm CPU算法。本研究选择了中国南方的荷斯坦奶牛养殖基地1226头奶牛进行采样,性状选择了三种血清激素:胰岛素（INS）、三碘甲状原氨酸（T₃）、四碘甲状原氨酸（T₄）;五种血清中的离子:钙离子(Ca²⁺)、钠离子（Na⁺）、钾离子（K⁺）、氯离子（Cl^-）和镁离子(Mg²⁺);以及13项血常规指标:白细胞计数（WBC）、红细胞计数（RBC）、血红蛋白计数（HGB）、红细胞压积（HCT）、大血小板比例（P-LCR）、血小板体积分布密度（PDW）、中性粒细胞比例（GRAN）、淋巴细胞计数（LYMF）、血小板计数（PLT）、平均红细胞血红蛋白含量（MCH）、平均红细胞体积（MCV）、平均血小板体积（MPV）、平均红细胞血红蛋白浓度（MCHC）。以中国荷斯坦奶牛的胎次、年龄与产奶天数作为变量进行方差分析,并对对被测所有奶牛进行全基因组扫描,获得基因型数据。经过对所有数据进行质量控制后得到1216头个体共47396个SNP位点。对结果的分析可知,随着荷斯坦奶牛的胎次与年龄增长,高胎次与高龄组奶牛的T₃、T₄的含量显著低于其他组（P<0.05）,且整体呈现下降趋势;随着奶牛的产奶天数增加,Ca²⁺、Na⁺、K⁺、和Cl^-的浓度降低,Mg²⁺的浓度上升,且对于未产奶与已产奶的奶牛之间,Cl^-与Na⁺的浓度变化差异显著（P<0.05）;虽然奶牛的胎次、年龄和泌乳天数对大部分血常规指标变化差异不显著,但对红细胞与白细胞的相关指标影响较大。对于血液成分的全基因组关联分析,在与血清中激素含量显著相关的19个SNP位点中,10个与INS有关,5个与T₃有关,4个与T₄有关,其中DGKB作为间接控制INS浓度的候选基因;在与血清中离子浓度显著相关的7个SNP位点中,5个与Ca²⁺浓度相关,2个与Cl^-浓度相关,确定了位于22号染色体的GATA2基因和SCN5A基因作为Ca²⁺浓度有潜在相关的候选基因。Farm CPU算法在本研究的血清中激素与离子性状中表现出了较少的假阳性位点,但对血常规性状的分析中则出现了大量假阳性位点。