东北马鹿（Cervus elaphus xanthopygus）为国家二级保护动物，曾调查显示在内蒙古赛罕乌拉国家级自然保护区具有丰富数量，但近5年来保护区环境发生了一定变化，而马鹿种群现状却未有任何报道，为保护区制定保护策略增加了困难。　　本研究主要目的是获得该保护区马鹿种群的基本信息。通过采集保护区马鹿粪便样品，提取粪便基因组DNA，利用特异性识别引物进行马鹿物种识别。通过筛选的微卫星引物进行个体识别，基于SRY基因进行性别鉴定，确定种群的性比，利用细胞色素b基因研究该种群的遗传多样性等。　　2015年12月和2016年10月于保护区分别采集293份、163份粪便样品，利用Omega试剂盒提取粪便基因组DNA，提取的成功率均在90％以上;利用马鹿12SrRNA基因特异性引物进行物种识别，确认冬季粪便样品242份属于马鹿，秋季140份属于马鹿;筛选出8对微卫星位点进行个体识别，最终冬季样品识别出56只个体，秋季识别出41只个体;采用基于SRY基因的两种方法鉴定了马鹿种群的性比（雌∶雄），冬季为1.8∶1，秋季为0.71∶1。　　扩增马鹿细胞色素b基因片段进行测序，分析其遗传多样性，得到种群单倍型9个，存在11个多态性位点，单倍型多样性(Hd)为0.933±0.0016，核苷酸多态性(Pi)为0.0116±0.0000052，核苷酸差异平均数(k)为4.25。　　结果表明，马鹿8个微卫星微点的累积识别率达0.99999978，可用于个体识别;2015年冬季亚群内的平均遗传距离(0.24±0.024)，小于2016年秋季亚群内的平均遗传距离(0.27±0.048)，印证了该保护区马鹿种群通过在发情交配前驱逐亲缘关系近的雄性个体来避免近亲繁殖假设是不完全的;同时说明赛罕乌拉保护区东北马鹿种群遗传多样性具有较高水平。