膀胱癌中差异表达的长链非编码RNA(LncRNA)筛选及功能研究

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背景我国癌症中心最新数据显示:全国每年有805000新发膀胱病例,有32900死于膀胱癌。膀胱癌依据浸润深度分为浅表性膀胱癌和肌层浸润性膀胱癌。浅表性膀胱癌5年内极易复发,并且容易复发进展为高级别浸润性膀胱癌。目前高级别浸润性膀胱癌五年生存率不足50%。因此深入研究膀胱癌恶性进展机制,寻找早期干预方法,对治疗膀胱癌十分必要。近年来,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)逐渐成为研究的热点,它不再被认为是转录噪声,而且是可以在表观遗传、转录、转录后等多个水平调控疾病的发生及进展。虽然lncRNA研究在膀胱肿瘤领域尚处于起步阶段,但已有报道证实lncRNA在膀胱肿瘤中具有重要作用。同时,临床标本和癌症基因组图谱(TCGA)数据显示,一些lncRNA在膀胱癌中显著上调,且其表达水平与肿瘤复发呈显著正相关,同时预示肿瘤预后不良。可以预见,从lncRNA角度进一步发掘控制膀胱癌恶性进展的新型分子靶标,寻找潜在的治疗靶点,必然成为研究热点。目的1.通过高通量测序,筛选膀胱癌及癌旁组织中具有显著差异的lncRNA及mRNA基因,并通过生信分析预测其生物学功能。2.通过进一步扩大肿瘤样本,验证lncRNA在膀胱癌及癌旁组织中的表达,验证测序的准确性。3.通过RT-PCR,验证lncRNA在不同膀胱癌细胞系及正常尿路上皮中的表达,同时留取本底值。4.探讨lncRNA LUCAT1在体外对肿瘤细胞表型的影响。方法1.选取三对膀胱癌及癌旁组织,采用IlluminaHiSeq4000测序技术,得到的基因表达数据,以P<0.05 and |log2fold change|>1作为筛选标准,得到差异表达基因。2.对差异表达基因,通过采用聚类分析,GO,pathway分析及共表达分析,预测其生物学功能,进一步筛选差异表达基因。3.扩大临床样本,选取20对膀胱癌及癌旁组织,采用RT-PCR,验证lncRNA的表达,证明测序结果的可靠性。4.选取膀胱癌细胞及尿路上皮细胞系,T24,J82,5637,SV-HUC-1,通过RT-PCR,得到lncRNA的表达本底值。5.通过构建lncRNA LUCAT1干扰RNA,得到Si-LUCAT J82稳转细胞株,通过增殖,侵袭,迁移,划痕实验,验证其生物学功能。结果1.通过高通量测序,得到269条差异表达lncRNA,其中172条上调,97 条下调,1215条差异的mRNA,其中554条上调,661条下调。2.通过GO和pathway分析,我们发现差异的lncRNA参与细胞的黏附,细胞的周期相关,以及可能涉及Ras等信号通路。通过蛋白质共表达网络分析,我们发现LUCAT1可能和CCNB1在膀胱癌发生中,可能存在相互关系。3.在20对癌及癌旁配对样本中,我们验证了 7条lncRNA的表达,结果和测序方向一致。4.细胞功能实验证明,干扰LUCAT1表达后,J82增殖,迁移及侵袭能力明显减弱。结论1.膀胱癌及癌旁组织存在大量差异表达的lncRNA及mRNA2.LUCAT1在膀胱肿瘤组织中相对于癌旁组织显著高表达。3.LUCAT1过表达促进了膀胱癌迁移侵袭及增殖的能力。4.LUCAT1及CCNB1在膀胱癌发生中可能存在相互关系。
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