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研究背景:NRF2在肝癌中的作用已被广泛研究。它的激活既可以保护正常宿主细胞免受致癌物的侵害,也可以帮助肿瘤细胞抵御氧化应激和化疗的损伤。作为一个转录因子,NRF2主要是通过调控其下游基因实现功能的。以往的研究大都关注于其下游的编码基因,而对其下游长链非编码基因研究较少,该部分将从分子层面上阐明NRF2和长链非编码基因LUCAT1的关系,并探索LUCAT1在肝癌中的作用。实验方法:根据课题组已拥有的肝癌患者组织的二代测序数据,分析并发现LUCAT1在癌和癌旁组织存在差异表达。这7个不同组织,来源于两个拥有不同预后的肝癌患者。然后我们又在147个肝癌患者的临床样本和肝癌细胞系中,利用荧光定量PCR的方法检测了 LUCAT1的表达情况进行验证。为了进一步研究LUCAT1的功能,我们利用小干扰RNA（small interfering RNAs,siRNAs）和反义寡核苷酸（antisense oligonucleotide）对LUCAT1的表达进行敲低。随后观察了NRF2下游编码基因的表达和癌细胞增殖能力的变化。实验结果:分析二代测序数据,我们发现LUCAT1在癌组织中表达升高,并且在预后较差的患者的癌组织中表达水平更高。统计分析荧光定量PCR的结果显示相对于癌旁组织LUCAT1的表达在肝癌组织中的显著上调,其表达还和肝癌患者的综合生存时间呈负相关,和脉管浸润和转移的发生呈正相关,进一步的LUCAT1敲低实验表明LUCAT1的下调并不会影响NRF2下游编码基因NQO1和HMOX-1的表达,但可显著下调多药物抵抗相关基因（MRP1）的表达,而且显著抑制癌细胞增殖。实验结论:我们的研究提示LUCAT1不仅可以作为肝癌患者新的预后指标,也是潜在的能够去除NRF2部分负面作用的治疗靶点,但要深入了解LUCAT1在肝癌中的作用还需要进一步研究。研究背景:研究发现雌激素受体在70%左右的乳腺癌中高表达。其下游编码基因的表达和乳腺癌内分泌的效果息息相关。然而雌激素受体信号相关的长链非编码RNA在其中的作用却尚未可知。所以本研究将鉴定雌激素受体相关的长链非编码RNA,并探索他们和乳腺癌内分泌治疗效果的关系。实验方法:首先我们从GEO数据库中获得获得含有氟维司琼处理的MCF-7细胞系芯片数据,其包括空白对照MCF-7细胞组,雌二醇处理组,氟维司琼和雌二醇联合处理组。并利用ncFANs的重注释数据包,提取出芯片中长链非编码RNA的数据。然后利用在R语言中的limma软件包计算出了的长链非编码RNA表达差异,并根据差异情况找出雌激素受体调控的长链非编码RNA。为了进一步探索这些长链非编码RNA的意义,我们利用GEO数据库中另一个MCF-7细胞系芯片数据构建了共表达网络,结合DAVID在线软件预测长链非编码RNA的功能。最后我们利用了两个雌激素受体阳性的乳腺癌患者癌组织的测序芯片数据集,探索了雌激素受体相关长链非编码RNA表达的临床意义。实验结果:芯片数据分析结果发现33条长链非编码RNA的表达在雌二醇和氟维司琼处理下呈现相反的变化。我们将这33条长链非编码RNA定义为雌激素相关长链非编码RNA,其中PTPRG-AS1已被其他研究者证实在乳腺癌组织中高表达,并且和肿瘤的分期和患者最终的生存相关。另外,编码基因和非编码基因的共表达网络显示,其中15条长链非编码RNA的功能和有丝分裂,DNA损伤和修复相关。最后我们还发现其中5条长链非编RNA的表达和他莫昔芬的疗效密切相关,并且它们能预测雌激素受体阳性乳腺患者的无远处转移生存期和无病生存期。实验结论:我们的研究显示雌激素相关长链非编码RNA可以成为指导乳腺癌治疗和预后的新的分子诊断指标,其中一些还可以作为靶向治疗的靶点配合乳腺癌的内分泌治疗。研究背景:要开发抗体药物,一个无法避免的难题就是抗体的制备。最经典的策略是先免疫动物然后制作并筛选能够产生单克隆抗体的杂交瘤细胞。该策略中的杂交瘤细胞筛选步骤是一个极其费时费力的工作。传统的筛选方法是利用流式细胞仪检测或者酶联免疫吸附试验（ELISA）,但它们的缺点是无法实现高通量或者容易出现假阳性和假阴性。所以开发一个高效准确的筛选方法就显得尤为重要。实验方法:我们开发的新方法主要是利用Celigo图像扫描计数仪。具体方法是首先将过表达目的抗原CD39的中国仓鼠卵巢癌细胞（CHO）种在黑色96孔培养板（平板）的底面,隔夜培养贴壁后去上清,然后先用多聚甲醛固定细胞,再加入杂交瘤的上层培养基,最后加入荧光二抗和细胞核染料,并用Celigo进行扫描,上述过程所得到的阳性杂交瘤培养基对应的杂交瘤细胞会立刻用流式细胞技术仪检测。实验结果:在先固定细胞再进行和杂交瘤培养基孵育并染色的处理情况下,Celigo从672个杂交瘤培养基样本中鉴定出65个阳性样本,但利用活细胞进行的流式细胞仪检测显示它们全部是假阳性。随后我们变换顺序,先让细胞和杂交瘤细胞培养基共孵育,并引入了 CFSE标记的野生型CHO细胞作为内部阴性对照,利用Celigo在一天之内完成了 576个样本的筛选,每96个样品的扫描时间仅需约9分钟,最终得到16个阳性样本,对比这16个阳性样本的流式细胞仪检测结果,显示其具有高度一致性。之后我们对阳性杂交瘤培养基和纯化的抗体进行梯度稀释,并用Celigo检测发现,某些杂交瘤细胞的培养基即使被稀释256倍或者在抗体浓度只有5ng/ml时,Celigo仍能检测出阳性信号,并且我们利用Celigo输出的数据可以精确计算出标志抗体亲和力的解离常数。实验结论:该筛选方法具有高通量,高准确性和高敏感性。利用该筛选方法将会加快抗体类药物的研发。