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背景及目的:
胰腺癌(PC)是一种高度恶性的肿瘤,转移率高,预后差,是世界上第14位最常见的癌症,也是导致癌症死亡的第7大原因。在所有类型的PC中,胰腺导管腺癌(PDAC)约占90%。PDAC是人类最致命的恶性肿瘤之一,进展迅速,预后差。手术目前仍是治愈PDAC的唯一手段,但几乎80%的患者发现时已经失去了手术机会,因此预后极差。
lncRNAs是至少有200个核苷酸的RNA分子,具有很少或没有蛋白质编码能力,在哺乳动物基因组中被普遍转录。最初人们认为ncRNAs是转录噪音,是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,没有任何生物学功能。随着研究的深入,目前大量研究表明,lncRNAs在细胞周期调控、表观遗传调控和细胞分化调控等许多生命活动中发挥重要作用。有证据表明,lncRNAs在多种肿瘤的增殖,进展,转移,侵袭,复发和凋亡中起着重要的分子作用,揭示了lncRNAs作为癌症预后生物标志物的潜力。
材料和方法:
通过TCGA数据库下载胰腺导管腺癌患者的临床信息及其RNA测序数据,通过生存分析筛选出与PDAC生存相关的lncRNAs,对其中两个表达上调的lncRNAs进行共表达分析,预测其下游靶基因。利用软件Genesetenrichmentassay(GSEA)v3.0(http://www.broadinsti tute.org/gsea)选择数据集c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt进行单基因GSEA分析,预测lncRNAs的表达通路。对最终得到的lncRNA-mRNA关系对中的mRNAs,利用oncomine数据库(https://www.oncomine.org)进行多数据集meta分析,了解其在PDAC中的重要作用。最后通过RT-PCR实验验证目的基因及其靶基因在PDAC细胞中的表达情况,并通过细胞划痕实验、MTT实验探索lncRNAs在PANC-1细胞中的功能。
结果:
通过TCGA数据库及生存分析共筛选出2个表达上调的lncRNAsAC015660.1和CASC8及2个表达下调的lncRNAsAC108752.1和NAIA-AS2。靶基因预测结果显示LAMA3和ABHD17C可能是AC015660.1的靶基因,B3GNT3和PTK6可能是CASC8的靶基因。GSEA分析表明CASC8主要富集在“KEGG_SPLICEOSOME”“KEGG_PENTOSE_PHOSPHATE_PATHWAY”“KEGG_HUNTINGTONS_DISEASE”“KEGG_PYRIMIDINE_METABOLISM”“KEGG_PROTEASOME”“KEGG_ALZHEIMERS_DISEASE”“KEGG_RNA_POLYMERASE”“KEGG_HOMOLOGOUS_RECOMBINATION”等通路中。oncomine分析显示在胰腺癌中LAMA3、B3GNT3、PTK6表达上调。RT-PCR实验证明lncRNAAC15660.1和CASC8在PANC-1细胞中的表达量高于其在HPDE细胞中的表达量,靶基因ABHD17C、B3GNT3、PTK6在PANC-1细胞中高表达,LAMA3在PANC-1细胞中低表达,敲除AC015660.1、CASC8,实验组细胞增殖活性高于对照组,实验组细胞迁移距离小于对照组;敲除AC015660.1和CASC8,B3GNT3、PTK6mRNA表达减低。
结论:
AC015660.1和CASC8可能与PDAC细胞增殖和迁移相关,敲除这两个基因,PANC-1细胞增殖活性增加同时迁移愈合受抑制;另外这两个基因还可能调控其靶基因mRNA的表达,这些突出显示对寻找PDAC预后相关的生物标志物有一定的指导作用。
胰腺癌(PC)是一种高度恶性的肿瘤,转移率高,预后差,是世界上第14位最常见的癌症,也是导致癌症死亡的第7大原因。在所有类型的PC中,胰腺导管腺癌(PDAC)约占90%。PDAC是人类最致命的恶性肿瘤之一,进展迅速,预后差。手术目前仍是治愈PDAC的唯一手段,但几乎80%的患者发现时已经失去了手术机会,因此预后极差。
lncRNAs是至少有200个核苷酸的RNA分子,具有很少或没有蛋白质编码能力,在哺乳动物基因组中被普遍转录。最初人们认为ncRNAs是转录噪音,是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,没有任何生物学功能。随着研究的深入,目前大量研究表明,lncRNAs在细胞周期调控、表观遗传调控和细胞分化调控等许多生命活动中发挥重要作用。有证据表明,lncRNAs在多种肿瘤的增殖,进展,转移,侵袭,复发和凋亡中起着重要的分子作用,揭示了lncRNAs作为癌症预后生物标志物的潜力。
材料和方法:
通过TCGA数据库下载胰腺导管腺癌患者的临床信息及其RNA测序数据,通过生存分析筛选出与PDAC生存相关的lncRNAs,对其中两个表达上调的lncRNAs进行共表达分析,预测其下游靶基因。利用软件Genesetenrichmentassay(GSEA)v3.0(http://www.broadinsti tute.org/gsea)选择数据集c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt进行单基因GSEA分析,预测lncRNAs的表达通路。对最终得到的lncRNA-mRNA关系对中的mRNAs,利用oncomine数据库(https://www.oncomine.org)进行多数据集meta分析,了解其在PDAC中的重要作用。最后通过RT-PCR实验验证目的基因及其靶基因在PDAC细胞中的表达情况,并通过细胞划痕实验、MTT实验探索lncRNAs在PANC-1细胞中的功能。
结果:
通过TCGA数据库及生存分析共筛选出2个表达上调的lncRNAsAC015660.1和CASC8及2个表达下调的lncRNAsAC108752.1和NAIA-AS2。靶基因预测结果显示LAMA3和ABHD17C可能是AC015660.1的靶基因,B3GNT3和PTK6可能是CASC8的靶基因。GSEA分析表明CASC8主要富集在“KEGG_SPLICEOSOME”“KEGG_PENTOSE_PHOSPHATE_PATHWAY”“KEGG_HUNTINGTONS_DISEASE”“KEGG_PYRIMIDINE_METABOLISM”“KEGG_PROTEASOME”“KEGG_ALZHEIMERS_DISEASE”“KEGG_RNA_POLYMERASE”“KEGG_HOMOLOGOUS_RECOMBINATION”等通路中。oncomine分析显示在胰腺癌中LAMA3、B3GNT3、PTK6表达上调。RT-PCR实验证明lncRNAAC15660.1和CASC8在PANC-1细胞中的表达量高于其在HPDE细胞中的表达量,靶基因ABHD17C、B3GNT3、PTK6在PANC-1细胞中高表达,LAMA3在PANC-1细胞中低表达,敲除AC015660.1、CASC8,实验组细胞增殖活性高于对照组,实验组细胞迁移距离小于对照组;敲除AC015660.1和CASC8,B3GNT3、PTK6mRNA表达减低。
结论:
AC015660.1和CASC8可能与PDAC细胞增殖和迁移相关,敲除这两个基因,PANC-1细胞增殖活性增加同时迁移愈合受抑制;另外这两个基因还可能调控其靶基因mRNA的表达,这些突出显示对寻找PDAC预后相关的生物标志物有一定的指导作用。