现有的两大知识产权国际规则体系是由世界知识产权组织（WIPO）和世界贸易组织（WTO）建立起来的。国际知识产权保护的一路发展均伴随场所转移（Forum shifting）,自1994年的《与贸易有关的知识产权协定》（简称TRIPS协定）签订以来,发达国家感受到以TRIPS协定为基础的国际知识产权保护体系的缺陷,企图避开目前的WIPO、WTO等多边体系并通过其他国际规则赋予更高知识产权保护标准的利益诉求,推行了所谓的“TRIPS-plus”标准,将知识产权纳入国际投资法领域,知识产权争端也因此出现在了国际投资领域的投资者—国家争端解决机制（简称ISDS机制）中。通过对国际法中管辖权冲突内涵的分析,以及案例研究的方法发现ISDS和WTO争端解决机制管辖权冲突是极为可能出现的,尽管目前此类案例还比较少。ISDS和WTO争端解决机制程序规则的重叠成为了管辖权冲突的客观条件。当ICSID和WTO争端解决机构对知识产权争端均具有管辖权时,一定程度上会导致国际投资条约和TRIPS协定所适用的实体规则冲突,甚至使得裁决终局性受到影响。国际投资领域下的ISDS机制和国际贸易领域下的WTO争端解决机制从诞生之初便沿着各自法理发展,二者面对同一争端缺乏冲突协调机制,并且随着投资和贸易的界限逐渐模糊、国际知识产权制度碎片化以及争端当事方“挑选法院”等行为的出现,导致了两者管辖权冲突的产生。通过参考传统解决管辖权冲突原则以及其他潜在国际法原则,从裁决策略和条约适用规则等方面提出了对ISDS和WTO争端解决机制管辖权冲突新趋势的一些缓解方案,希望这两种机制能够既存在互补性又能够协调发展。尽管目前我国在国际争端解决机制中的平行程序问题尚不突出,但从长远来看,对中国从资本输入国向资本输出国身份的转换过程中,在如何缔结国际投资协定或自由贸易协定以及应对国际争端的态度也有一定的启示作用。