大豆精准表型管理与分析系统的设计与实现

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分子与表型相结合的大豆设计育种是分子数据和表型数据协同完成的。随着数字化农业的发展,数据库信息管理技术广泛地应用于大豆领域。育种家也越来越重视大豆植株精准表型数据的提取及管理。在线可查可上传的数据库系统实现了表型数据共享,为表型学研究者提供了一定的数据支持。目前关于作物精准表型信息管理数据库的研究相对较少,但数据库对于信息管理功能带来的便利程度远远超过了传统存储数据的方式,数据共享已经逐渐成为作物精准表型信息管理的必然趋势。因此,本研究基于Apache+PHP+My SQL的环境设计并实现了大豆精准表型管理与分析系统,其中大豆的精准表型主要包括全生育期植株动态表型的测定和终端考种表型的测定。系统中的精准表型指的是通过计算机视觉技术和方法自动获取的植株特征,而非人工获取,通常包括对植株3D-Model的特征提取和对作物局部器官图片的特征提取等。同时,系统提出了虚拟植物本体论,提供植株3D-Model作为实例,实现了植物表型数据的可视化,为作物的表型研究提供了新的研究思路及方法。系统有效地解决了数据难以筛选、偶然丢失、缺漏等问题,保护了数据的完整性,减少了信息遗漏丢失对实验结果造成的影响,也节省了大量的本地储存空间,进一步推动了大豆精准表型研究的发展。此系统主要包括表型数据管理、表型获取、表型分析三个部分,表型数据管理部分中统计了基于虚拟植物本体论而构建的3D-Model数据库、精准表型数据库(其中包括通过3DModel获取的表型信息以及通过对大豆植株图片分析而获取的表型)和人工考种数据库,实现了大豆植株全生育期内三维重构模型及终端考种表型的相关表型数据的查询、添加等功能;表型获取功能是利用深度学习技术对用户提交的大豆植株图片(如:籽粒、豆荚等)进行图像识别从而自动提取表型数据;表型分析是指通过查询获取的表型数据进行基本的统计分析,利用数据可视化来判断两个性状之间的关联或单个性状的变化规律等问题。系统在服务器上发布后,允许用户通过浏览器输入网址:http://39.100.111.242/3dmodel/来访问,实现了大豆精准表型研究方面的数据共享,提供了一个共同研究讨论分析的平台,推动了大豆精准表型研究的持续发展,促进学术交流,也为培育优良的大豆品种提供了数据支撑和理论支持。
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