间充质干细胞是一种多能成体干细胞，具有来源广泛，免疫原性低，在体外易于培养的特点，同时具有多向分化潜能和免疫调节功能，在移植物抗宿主病、系统性红斑狼疮等免疫疾病的治疗，神经退行性疾病及神经损伤，骨损伤和烧伤等损伤修复方面，都具有极高的临床应用潜力和价值，目前在世界范围内已有大量临床试验正在展开。　　而对于间充质干细胞的临床应用，首先必须保证其安全性。干细胞具有增殖、分化、自我更新的能力，间充质干细胞在移植后是否会产生风险一直为人们所关注。移植前的间充质干细胞必须经过体外培养，而体外培养过程中的间充质干细胞稳定性如何，是否会发生变异，培养时间的长短对其稳定性影响如何，不同来源的间充质干细胞是否存在差异，这些问题都亟待得到解答。　　在本研究中利用高通量测序技术，对4株脐带来源的间充质干细胞系和3株羊水来源的间充质干细胞系在P0、P2、P5、P10、P15这五个培养代数采集样本，进行了全外显子组和转录组测序。利用检测传代过程中细胞的突变及突变碱基比例变化，研究其基因组稳定性。利用生物信息学方法对转录组测序数据进行分析，比较不同来源间充质干细胞在传代培养不同阶段的基因表达特征与差异。　　发现间充质干细胞在体外中短期培养的过程中基因组整体稳定。对供体脐带组织及分离获得的细胞系进行全外显子组测序，筛选出了在传代过程中可能丢失或新发生的突变，每代2至60个不等，其中P2数量最多，但没有位点通过Sequenom技术验证，这表明在传代过程中真正发生变化的突变数量可能非常少，而细胞的基因组整体保持稳定。　　但同时也证实了间充质干细胞群体具有异质性，细胞亚群在传代过程中发生了动态变化。在一株羊水来源的细胞系中，验证到4个突变位点的碱基比例在传代过程中发生了显著变化，这表明了不同细胞亚群间的异质性，而这些亚群的细胞数量在传代过程中发生了扩增或降低。　　在对间充质干细胞表达谱的研究中，发现外分泌相关通路基因高表达，同时基因表达模式在不同来源细胞间存在差异。通过对转录组测序数据的分析，发现间充质干细胞高表达与细胞分泌、细胞粘附、细胞外基质相关基因，这些基因与间充质干细胞的免疫调节功能密切相关。而且在脐带来源的细胞系中，促进血管内皮生长因子生成、趋化因子分泌等相关基因，与羊水来源细胞系相比显著上调。说明两种来源的间充质干细胞系存在基因表达模式差异，而且脐带来源间充质干细胞在分泌功能上可能强于羊水来源细胞。　　不同来源间充质干细胞还具有特异性的细胞表面标志物。通过对CD家族基因的表达情况进行分析，发现在羊水来源间充质干细胞中SDC2(CD362)、ITGA6(CD49f)、PDGFRB(CD140b)表达上调，而在脐带来源间充质干细胞中TFRC(CD71)、CD55、CDH2(CD325)、PROCR(CD41)、TEK(CD202b)、THY1(CD90)、CD9、ITGA2(CD49b)、DPP4(CD26)、F3(CD142)表达上调，这些基因可以作为鉴定间充质干细胞来源的候选标志物。　　同时发现一些重要的功能基因，如HOX、CDH2等在细胞中的表达随着代数的升高而下降，这表明随着培养代数增加，细胞的黏附、分化等功能可能受到影响，而传代早期的细胞可能在此方面具有优势。　　这一研究首次将基因组与转录组相结合，以宏观角度评价不同来源的间充质干细胞在体外培养过程中的遗传稳定性，为间充质干细胞的临床应用提供了有价值的理论数据与基础。