【摘 要】
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蛋白质所具有的性质和功能在很大程度上取决于其空间结构，因此为研究神经退行性疾病，重点在于模拟构建引发此类疾病的蛋白质的空间结构.试验发现数学和物理等理论计算方法可以
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蛋白质所具有的性质和功能在很大程度上取决于其空间结构，因此为研究神经退行性疾病，重点在于模拟构建引发此类疾病的蛋白质的空间结构.试验发现数学和物理等理论计算方法可以用来描述一些具有不稳定，非晶体及不溶性等特质的蛋白质在亚显微水平上的三维结构.同样地，X-射线晶体学，核磁共振波谱和双偏振干涉等实验方法亦都是确定蛋白质(包括膜蛋白)三维结构的强大工具；但若要比较准确的产生蛋白质的三维结构，实验方法如X-射线晶体衍射过程中通常需要改进其遵循的理论协议，这就表明测定蛋白质结构时理论计算非常重要.也就是说，数学理论计算方法相对而言更实用.为此，基于优化势能函数，现提出一种理论计算方法--有限存储BFGS优化算法的修正方法，称为修正有限存储BFGS算法，用于测定朊病毒疏水区域AGAAAAGA段淀粉状蛋白纤维(不稳定，非晶体，不溶性)的三维结构.由于核磁共振波谱或X-射线晶体学等方法还没有确定朊病毒疏水区域AGAAAAGA段的三维结构，因此通过文中建立的算法模拟构建的蛋白模型便可作为蛋白质研究的重要参考数据，亦对药物化学等其他生物、化学领域同样有用.基于此，全文主要内容安排如下：第一部分主要介绍引发神经退行性疾病的淀粉状蛋白纤维的势能函数并将其转化为最优化问题.第二部分主要建立求解最优化问题的修正有限存储BFGS算法并证明算法的全局收敛及超线性收敛性.第三部分利用算法构建一类神经退行性疾病--朊病毒AGAAAAGA段淀粉状蛋白纤维的三维分子结构模型.最后一部分简要阐述了在分子结构预测等方面修正有限存储BFGS算法的实用性和价值.
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