农民专业合作社的成立是将分散的农民联合起来，从而提高农民的组织化程度，达到降低生产成本和交易费用，提高抵御市场风险的能力和谈判地位的作用。随着新疆开始实施《中华人民共和国农民专业合作社法》，昌吉州农民专业合作社的发展环境越来越完善，合作社发展迅速，成为新疆地区发展速度较快、规模较大的地区之一。然而，合作社在发展的过程中也出现了农户参与率不高，对专业合作社了解程度不高等问题，这些问题都严重的影响了农民专业合作社的发展。因此，研究农户参与农民专业合作社意愿的影响因素，揭示现阶段昌吉州地区农民专业合作社发展的制约因素，提出相关对策建议，对支持农民专业合作社的发展具有重要的现实意义。本文从农户参与合作社的意愿出发，综合运用了经济学、社会学等学科的知识，对新疆昌吉州地区的调查数据进行了统计分析。先后运用了单因素分析法，对所选出的指标进行剔除以及最终的确定，然后运用二元Logistic回归模型进行实证分析。分析的结果表明农户参与合作社的意愿受到销售途径、农户对合作社的了解程度、对政府扶持政策的了解程度、农产品价格波动程度的影响显著。基于以上实证分析研究的基础，本文分别从农民、农业企业家、政府三个方面提出了相关建议。