本文研究的目的是探寻在农业和农村经济发展的新阶段，我国农业科技创新体系存在的问题，找出其本因(Root Cause)，根据本因提出相应的对策。旨在增强我国农业科技的创新能力，提高农业科技创新体系的运行效率。 本研究在农业科技创新基本理论的指导下，广泛收集相关的文献资料，通过本因分析法的运用，对我国农业科技创新体系的三个子系统(农业科技管理体系、农业科研体系、农业科技推广和服务体系)分别进行了研究，剖析了影响我国农业科技创新的存在问题及其本因，建立了我国农业科技创新体系问题的本因模型(Root Cuase Analysis，RCA)，并对模型进行了定量化处理，进而根据模拟方案的测算与评价提出政策建议。 初步研究发现，我国农业科技创新体系存在着诸多问题。这些问题最终表现为五个终结问题，即：“系统运行效率低”、“自主创新不足，科技储备下降”、“成果转化率低”、“综合性重大成果少”、“成果质量低”等。导致这五个终结问题的本因有十个，即：(1) 农业科技管理体制不尽合理；(2) 农业科技管理制度不尽合理；(3) 科研资金来源单一；(4) 技术市场和中介组织不完善；(5) 缺乏法律法规与政策支持体系；(6) 创新人才缺乏；(7) 农民不是技术创新的主要动力和参与者；(8) 技术传播不畅；(9) 投入结构不合理；(10) 企业规模偏小、管理不善、融资难、投资的短期行为、科研人才匮乏。 在十个本因中，“农业科技管理体制不尽合理”、“科研资金来源单一”、“技术市场和中介组织不完善”、“缺乏法律法规、制度、政策支持体系”、“创新人才的缺乏”、“投入结构不合理”、“企业规模偏小、管理不善、融资难、投资的短期行为、科研人才匮乏”等七个本因都影响了五个终结问题中的四个；只有“农民不是技术创新的主要动力和参与者”和“技术传播不畅”这两个本因影响一个终结问题——“成果转化率低”。同时，“农业科技管理制度不尽合理”、“农业科技管理体制不尽合理”、“缺乏法律法规与政策支持体系”与“创新人才的缺乏”这四个本因对上述五个终结问题的影响程度都比较大。 根据本因模型定量化初步研究结果，针对六个本因(即：“农业科技管理制度不尽