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本研究主要以与海岛棉枯萎病抗病性相关的标记和抗病相关的基因表达特性进行研究。首先利用CMD网站上公布的3273对SSR标记进行海岛棉之间核心引物的筛选及对核心引物的实用性进行分析;其次利用实验室前期构建好的关于海岛棉枯萎病的连锁遗传图谱和QTL定位的3组6对标记进行与病级和农艺性状之间的相关分析，期望从中找到与海岛棉抗枯萎病确实有效的标记，从而为海岛棉抗病性及性状的进一步QTL定位和分子辅助育种(MAS)提供有益参考;最后通过查阅文献及EST文库搜索查询到与枯萎病相关的EST序列，利用这些序列设计引物，再在枯萎病诱导条件下，对TM-1和海岛棉抗、感材料进行抗病相关的基因表达特性分析。综合整个研究得出的结论如下: (1)利用NAU、JESPR、GH、SHIN、TMB、DC、COT、BNL、CGR、CIR十个系列3273对SSR引物进行核心引物的筛选，最终得到94对海岛棉核心引物，通过引物筛选可知本次实验中海岛棉之间引物多态性较低。 (2)利用柴颜军等定位于1号、8号、16号染色体上与抗枯萎病有关连锁的6对标记进行标记与病级和农艺性状之间的相关分析，可得到定位标记014、016、BNL1421和棉花枯萎病病级显著相关，3对可作为有效的遗传标记用于海岛棉抗枯萎病的相关分析，标记DPL0030与016与衣分表现显著，标记014与单铃重、衣指、子指的表现显著。利用组合标记014-R/016-R/BNL1421-R更能有效选择高抗病性的材料。 (3)通过查阅文献及EST文库搜索查询与棉花枯萎病抗病相关的EST序列，最后得到与胁迫相关(Stress related)、防御相关(Defense related)、细胞壁结构(Cell wall structure)、生长、光合作用相关(Growth，photosynthesis)的4段EST序列，通过Primer5.0设计引物，再在枯萎病诱导条件下，对TM-1和海岛棉抗感材料进行抗病相关的基因表达特性分析，结果表明:CFW3、CFW8、CFW10和CFW17在TM-和海岛棉抗感材料中表达差异明显。