隐孢子虫和贾第鞭毛虫(简称“两虫”)是两种严重危害水质安全的病原性原生动物。城市供水系统中的隐孢子虫和贾第鞭毛虫直接威胁饮用水安全,并同时对城市水环境带来生态和健康风险。因此,对自来水厂原水和各工艺出水中的“两虫”进行调查,掌握其污染现状,为确保饮水安全提供依据具有重要意义。本研究采用膜溶解、密度梯度分离纯化结合免疫荧光染色的方法对饮用水中的隐孢子虫和贾第鞭毛虫进行定性与定量检测,对方法中影响“两虫”回收率的因素进行评价。结果发现使用percoll-蔗糖介质可取得良好的分离纯化效果,其卵囊和孢囊初始回收率分别为56%和35%,远高于EPA1623方法的要求,对于高浊度水样,采用离心浓缩取得较好效果,它解决了丙酮不能将膜彻底溶解的问题。利用上述方法对河网型水源水及水厂处理工艺出水进行检测,发现10升水源水中有0-17个隐孢子虫和0-4个贾第鞭毛虫,但50升滤后水中“两虫”均未检出。通过安全风险评价可知,在现有的水质和处理工艺条件下,出水安全能够保障。