环境保护税是我国第一个独立的绿色税种,也是第一个在法律中明确规定跨部门协作征收的税种。它是由我国排污费制度改革而来,基本保持了税制平移,它的开征促进了我国生态环境的改善,对促进国家产业转型升级同样具有重要的意义。然而,由于我国征收环境保护税的时间较短、可借鉴的跨部门协作经验较少,虽有国家政策层面的规划,实践中亦有一定程度的推进,但是环境保护税征管协作的整体发展仍然十分薄弱,尤其是在具体协作机制上,呈现出碎片化的特点,对各协作主体缺乏激励和约束。因此,如何通过完善环境保护税征管协作机制提高征管质效还需要进一步研究。为此,本文采用文献研究法、比较分析法研究我国跨部门协作征收环境保护税存在的问题并给出完善的建议,目的在于提高我国环境保护税的征管质效。其中,建议的提出一方面是来自理论的指导,另一方面是受到国外经验的启发。本文的正文共五个部分。第一部分为我国环境保护税征管协作的理论概述,主要介绍环境保护税和税收征管协作的定义,阐述与税收征管协作相关的税收征管效率理论、信息不对称理论、协作系统理论以及新公共管理理论,为后文提出对策奠定理论基础。第二部分为我国环境保护税征管协作的实践情况,主要围绕我国征收环境保护税的过程展开论述。具体包括环境保护税征管协作的制度准备、实施推进以及绿色效应,为后文的分析奠定现实基础。第三部分我国环境保护税征管协作实践存在的问题,从制度层面和实践层面两个角度展开论述。具体包括我国环境保护税征管协作的规范依据偏于笼统原则、环境保护税征管协作的运行机制存在欠缺、环境保护税征管协作激励机制滞后于实践发展需要、环境保护税征管协作监督机制尚未建立四个方面的问题。第四部分为环境保护税征管协作的域外经验,提出应当明确协作部门的协助义务、以信息化网络为依托提高协作征管效率、积极引入公众参与的经验。第五部分围绕我国环境保护税征管协作规范依据、运行机制、激励机制和监督机制提出完善建议。