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多项研究已表明BTA6上存在产奶性状QTLs。Chen(2005)在基于女儿设计的中国荷斯坦牛群中也检测到产奶性状QTLs，并将影响产奶量、乳脂量和乳蛋白量的QTLs定位在标记BMS470附近，BMS1242附近也有一个影响乳脂量的QTL。本研究综合目前国内外研究进展，借助最新公布的奶牛基因组序列图和遗传图谱选定了BTA6上热点研究区域内相对较小的区段(标记BMS2508-ILSTS097之间)作为目标QTL精细定位区段，利用高密度SNP标记在中国荷斯坦牛中对产奶性状QTLs进行了精细定位研究。
1．通过对公牛基因组DNA的目标区段进行逐段PCR扩增和PCR产物直接测序方法获得了新的SNP标记，共得到32个新标记。为增加标记密度，综合利用NCBI上已公布的目标区段内SNP标记和本研究的新标记，在25Mbp的范围内共选用了15个SNP标记。采用RFLP、TaqMan探针及AFLP对来自11个公牛半同胞家系的1449个中国荷斯坦牛个体的标记基因型进行了检测判定。
2．通过LOKI多点连锁分析，在标记FAM13A1-PPARGClA-SLC34A2处检测到305天产奶量QTL，且BF值在PPARGClA处达最大(BF=40.25)；在多个不同家系组合群体中检测到标记OPN处存在影响产奶量的QTL在标记CR-CEPl35之间以及标记M和STIM2之间也存在产奶量QTLs。对乳蛋白量的分析结果显示，标记PPMlK-FAM13A1和PPARGClA-SLC34A2处分别存在一个乳蛋白量QTL。乳脂量的QTLs被定位在标记STIM2-MBIP和标记UGDH-CR之间。在本研究群体中未检测到乳成分QTL。
3．关联分析结果显示，标记FAM13A1、PPARGClA、SLC34A2、OPN、CR、CEP135、M、STIM2、PPMlK、MBIP、UGDH分别对产奶量，乳脂量，乳蛋白量有极显著影响(p<0.01)。在最新的牛基因组序列图中，这些区段内除了标记STIM2-MBIP和CR-CEP135之间有相对大一些的gap以外，其他区段内均有详细的基因图谱，可以查找到此区段内所有已知基因。通过与BTA6上QTL定位的已有研究结果相比较，可以得出初步结论：在中国荷斯坦牛中，BTA6上的QTL可能是一因多效、或多因一效，标记OPN，PPARGClA、ABCG2和CR可能是BTA6上产奶量、乳脂量和乳蛋白量QTL的原因突变。