基于转录组学探究肺结核病人circRNAs表达特征及调控网络

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liang_yanzhi
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目的:通过转录组测序技术对正常人和肺结核病人外周血白细胞进行circRNA表达分析,明确circRNAs在肺结核病人和正常人外周血白细胞中表达特征,筛选出能够用于肺结核病人早期诊断的特异性circRNA分子标志物。方法:选择临床上通过综合分析,明确的肺结核病人及健康正常人的外周血白细胞作为研究材料。选择3个肺结核病人和3个健康正常人的外周血进行Solexa高通量测序,依据临床分类对测序数据进行聚类分析,根据错误发生率false discovery rate(FDR)<0.05和差异倍数Foldchange(FC)>2分析肺结核组和健康对照组外周血白细胞差异表达circRNA,荧光定量PCR验证测序数据的准确性,功能分析和通路分析明确差异circRNA的潜在生物学功能,建立circRNA-miRNA-mRNA调控网络,推测差异circRNA在肺结核病人外周血中潜在在调控机制。结果:利用高通量测序技术,在3例肺结核病人和3例健康个体中共鉴定出16288条circRNAs,通过与已知数据库比较,其中有7775个circRNAs为已知的circRNA,存在于circbase数据库,另外有8513个circRNAs是新发现的circRNAs。通过对肺结核病人和健康人中发现的circRNA进行差异比较分析,发现在肺结核病人中有102个circRNAs表达水平发生上调,68个circRNAs表达水平发生下调,其中表达水平上调5倍以上的circRNA有26个。随机筛选了 6个circRNA进行real-time PCR分析,分别在20例肺结核患者和20例健康人中的进行表达水平检测。结果表明定量PCR结果与全转录组测序数据结果一致,且这些circRNA可能作为潜在的诊断肺结核病人的潜在标志物。为了明确circRNA在肺结核病人中的调控机制,我们构建了 circRNA、miRNA和mRNA的ceRNA调控网络,根据circRNA对miRNA的海绵作用,以及miRNA对mRNA的调控特征,分别建立了两个ceRNA调控网络,ceRNA分析是利用41个差异miRNA、2565个差异mRNA和170个差异circRNA进行的分析,共得到4350对ceRNA关系。根据分析数据绘制而成的ceRNA网络图根据表达趋势分成两个部分:circRNA与mRNA同时上调且miRNA下调,circRNA与mRNA同时下调且miRNA上调。前者包含14个miRNA、18个circRNA、472个mRNA组成的1721个 circRNA-miRNA-mRNA 关系,后者包含 8 个 miRNA、6 个 circRNA、307 个 mRNA组成的 666 个 circRNA-miRNA-mRNA 关系对。结论:利用高通量测序技术从肺结核病人中筛选出的差异表达circRNA可能作为潜在的肺结核病人诊断的标志物,绘制的ceRNA调控网络,可为circRNA在肺结核发病机制和发生发展提供重要的理论基础。
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