高校作为我国科技创新体系的重要主体,其创新效率的高低直接影响我国整体科技创新的效率。为了充分发挥高校科技创新主体的作用,增加其创新产出,提升其创新效率,国家出台了一系列的产学研合作政策,支持高校与企事业单位间的协同创新活动。由于经济、市场环境等因素的影响,不同区域高校在开展协同创新、创新效率等方面存在较大差异。因此,如何将协同创新引入到高校科技创新效率评价之中,测度与分析不同区域高校科技创新效率的差异,探究不同区域高校科技创新效率的提升路径,对夯实创新强国基础有重要作用。基于此,本文首先在深入分析高校创新活动特点的基础上,将高校创新活动分为知识创新与和成果转化阶段,以我国27个省域2007-2018年面板数据为研究对象,构建高校知识创新与成果转化效率评价指标体系。其次,引入三阶段DEAWindows模型对高校知识创新与成果转化综合效率、纯技术效率和规模效率进行测度,通过分析我国整体、四大地区和各省域的两阶段创新效率,评价剔除环境因素前后,高校知识创新和成果转化效率的动态变化与有效性。最后,运用模糊集定性比较分析方法,基于组态视角探讨多重并发因素机制下高校知识创新与成果转化效率提升的现实路径。并且立足于省域经济发展的实际情况,将省域划分为经济发展水平较高、中等、较差,分区域提出提高高校知识创新与和成果转化效率的政策建议。研究结果表明:（1）在协同创新背景下,总体上我国高校成果转化效率均值已超过知识创新效率均值,表明现有的科研成果得到了较为充分的转化。（2）经济发展水平、产业结构水平、高等教育发展水平对高校知识创新效率有显著的正向影响;经济发展水平、市场化水平对高校成果转化效率显著的促进作用。（3）调整之后,有13个省域高校知识创新综合效率明显上升,15个省域高校成果转化综合效率明显上升,综合效率的上升都得益于规模效率的大幅上升。（4）高校知识创新效率的提升路径有5种组合类型,高校成果转化效率的提升路径有4种组合类型。不同省域的高校要依据省域经济发展的实际情况,立足高校资源禀赋条件,选择适宜本省域高校知识创新与成果转化效率的提升路径。