在当前我国实行资质审核后认证机构作为法人自负盈亏的认证模式下，面对当前认证市场的不规范，监管和监管工具显得尤为重要。当前我国对认证机构的评价没有一致的评价方法且只从认证机构本身出发，能力的评价集中于法律要求而未基于明确的管理或相关理论，本文试图从认证机构能力和企业认证结果二个维度，利用现代企业能力理论和卓越绩效准则建立认证机构综合评价指标框架，然后确立认证机构信誉评级方法，并提出新的认证机构双向监管思路。本文首先理顺和分析了我国认证认可运行机制及认证现状，并在之前微观研究的基础上，利用QMS证书和质量竞争力指数省际面板数据采用面板数据模型从宏观角度进一步验证了企业认证绩效的存在性，为下文奠定了坚实的基础。第二，在回顾认证机构评价研究的基础上，将现代企业能力理论与管理体系认证机构要求及经典认证流程相结合，提取了包括组织运营能力、组织执行能力和组织支撑能力三个方面的认证机构能力评价指标。第三，在前人对质量管理体系绩效评价研究的基础上，通过2009版卓越绩效准则与ISO9001：2008的对比分析表明卓越绩效准则可用于企业QMS认证结果评价，从而基于卓越绩效准则的结果条目提取了包括产品结果、市场结果、财务结果、过程结果、员工结果和顾客结果等六个方面的企业认证结果对比评价指标；将认证能力和企业认证结果对比指标组合从而得到认证机构综合评价总体指标框架。第四，说明了指标使用方法、确立了认证机构信誉评级准则，并提出了从正向――认证机构能力和反向――企业认证结果的认证机构双向监管思路。最后，指出了本研究取得的成果、创新、不足以及进一步研究方向。本文建设性地从认证机构和获证企业二个维度出发，创新地应用了现代企业能力理论和卓越绩效准则，建立了将认证能力和认证结果相结合的综合评价指标框架，弥补了认证机构评价只重能力的不足，整个指标框架延展性和灵活性好，可推广用于EMS等其他认证领域，并且能力指标模块和企业认证结果对比模块可单独使用，为我国认证机构监管和信誉评级提供了新的思路和工具，具有较强的理论和现实意义。