粘虫Mythimna separata(Walker)是一种危害性很严重的农业害虫,随着杀虫剂的广泛使用,粘虫对各类农药产生了不同程度的抗药性。然而,由于基因组信息的缺乏,粘虫抗药性分子机制得不到深入系统而又全面的研究。利用高通量测序技术对粘虫的转录组进行测序,获得粘虫特定个体的基因信息及其表达情况,为研究其抗药性分子机制提供了丰富的基因信息,为抗药性分子机制的研究奠定基础,从而为粘虫的防治提供理论基础。为了研究粘虫对高效氯氛菊酯抗药性的分子机制,本研究以粘虫的敏感品系以及通过高效氯氛菊酯室内筛选获得的抗性品系为材料,利用高通量IlluminaHiSeq2000测序较为全面的获取了两个品系的转录组信息。通过生物信息学分析在基因注释和功能分类的基础上,对两个品系的转录组进行差异表达分析,从中筛选并鉴定出主要的抗性相关基因,如解毒代谢酶基因等。同时基于粘虫转录组数据,发掘其微卫星位点,以期获得可供其种群遗传学研究所需的分子标记。1.对粘虫转录组进行了测序。本研究用粘虫总RNA构建了 cDNA文库,通过Illumina Hiseq2000高通量测序平台对粘虫进行了测序和从头组装,总计产出4784365620bp数据。将原始数据组装得到30486个Unigene,总长度为14,002,443bp,平均长度为459bp,N50达到506bp。将30486个Unigene提交至数据库Nr、Nt、Swiss-Prot、KEGG、COG以及GO数据库进行BLASTX》比对注释,设置的阈值E为10-5,得到的有效注释结果分别为19440个,16077个,13675个,12123个,5792个,10107个。综合所有数据库比对结果,共有21051个Unigene得到注释。另外,比对到蛋白质的CDS有19292个,预测出的CDS有1332个,共20624个。2.粘虫敏感品系和抗性品系差异表达基因分析。经过RPKM同一化分析粘虫敏感品系和抗性品系差异表达基因,根据FDR≤0.001,得到24777个显著差异表达的unigene,其中抗性品系相对敏感品系有13103个表达上调,有11674个表达下调。GO功能富集发现有3049个差异表达基因参与细胞成分,4228个参与分子功能,3960个参与生物过程。3.在粘虫敏感转录组中,共检测到72904个SNP标记位点。颠倒位点数为47125个,包含A-G颠换和C-T颠换,分别有23663个和23462个。转换位点数有25779个,包含A-C、A-T、C-G和G-T四种类型,分别有5370个、8189个、6669个和5542个。颠换和转换的比例为1.83。本研究中检测到的SNP可用于粘虫抗药性研究的分子标记。