我国是一个农业大国，国土面积辽阔，农产品的国内外需求旺盛，随着经济的不断发展和人民生活水平的不断提高，传统的农产品已经不能满足公众的消费要求，公众更喜欢购买质量高、营养好、安全的农产品，有机农产品无疑是人们追逐的主要产品。但现阶段我国有机农业的发展速度并不十分理想，一方面是由于有机农业的推广受到限制，从农产品生产企业内部来看，受到了农业投入产品的供给量、自然生产条件、种植技术、加工和运输情况等多种条件的制约和影响，由普通农产品经营转为有机农产品经营有难度。同时由于有机农业的监管机制不完善、监管力度不够，导致各种残次品和假冒品的出现，有机农产品市场混乱，制约了有机农产品产业的良性发展。另一方面，对于已通过认证的有机农产品供应链企业来说，生存和发展是关键问题。要想生存，除了确保生产环节完全按有机认证要求执行外，最重要的、也是决定性的问题就是供应链主体间的利益分配，合理的利益分配能提高有机农产品相关企业的盈利能力和竞争力，增强供应链绩效及整个供应链的稳定性和可持续性，促进有机农产品产业的有序、良性发展。本文以通过有机认证的农产品供应链为研究主体，在文献分析和有机农产品市场调研的基础上，对我国有机农产品供应链及其利益分配现状进行了整体把握。从有机农产品生产企业、供应商、零售商、物流服务主体等多角度，对有机农产品供应链利益主体进行了归类，提炼出现行的有机农产品供应链利益分配的三种模式。以此为基础，引入利益分配的基本方法，通过筛选，确定了Shapley值法并将其运用到有机农产品供应链利益分配中，同时对Shapley值法中的加权因子进行修正，对供应链各主体各自的创新能力、风险承担、努力程度、贡献度等因素综合考虑，从而计算出公平、合理的利益分配体制，使其与有机农产品供应链利益分配的特点相吻合。在理论分析基础上，论文对长春国信“社稷尚品”有机农场供应链运营进行了实地调研，取得了有机农产品供应链利益分配的基本数据，运用修正Shapley值模型，实证地将国信“社稷尚品”有机农场供应链先后两个利益分配方案进行了对比，明确了运用修正Shapley值法更加科学、合理。根据数据分析，提出有机农产品供应链相关企业应根据供应链各主体的特点，采用合理的利益分配方案，以确保供应链联盟的稳定性和可持续性，最终推动有机农产品产业的发展。