为探索热带海草床生态系统中产胞外蛋白酶与纤维素酶微生物资源多样性,并探索研究污染对海草床生态系统产胞外蛋白酶与纤维素酶微生物资源的影响,本实验于海南文昌10个不同的海草床生长区采集了表层沉积物样本共30份（每个采样点3个平行样）。采用梯度稀释平板法共获得各类微生物菌株1188株;使用酪蛋白与羧甲基纤维素钠功能培养基进行特异性选择培养,初步筛选出768株具有产蛋白酶能力和220株具有产纤维素酶能力的菌株,占比分别为64.6%和18.52%。基于16S r DNA基因的序列分析表明,768株蛋白酶产生菌可归类于37个属,主要包括:厌氧芽孢杆菌、不动杆菌属、气动球菌属、大肠杆菌属、假交替单胞杆菌属、盐单胞菌属、克雷伯菌属、梭形杆菌属、小球藻菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、病毒性杆菌属、叶状杆菌属等,其中芽孢杆菌属（31.14%）和叶状杆菌属（13.17%）为主导的优势菌属;筛选获得的220株纤维素酶产生菌,归类为22个属,主要包括:小球藻菌属、鸟氨酸杆菌属、扁平球菌属、病毒性杆菌属、气动球菌属、假交替单胞菌属、弧菌属、贫杆菌属、葡萄球菌属、大肠杆菌属、盐单胞菌属、芽孢杆菌属、梭形杆菌属、丛毛单胞菌属等,优势菌属为芽孢杆菌属（38.82%）和弧菌属（16.47%）。对于受不同胁迫程度影响的两个采样断面,探讨养殖污染对其菌落结构和产酶活力的影响。断面A共分离到375株具蛋白酶活力菌株,可归类于27个属;断面B共分离到393株具蛋白酶活力菌株,归类于24个属。两个断面的优势菌属主要为芽孢杆菌属、假单胞杆菌属、盐杆菌属和弧菌属等;部分菌属为断面特有,如断面A特有的菌属为梭菌属、大肠杆菌属、盐单胞菌属和克雷伯氏菌属等;断面B特有的菌属为德米奇亚菌属、假杆菌属、桥杆菌属和病毒性杆菌属等。断面A（H/C）比值大于2.5的菌株比率为33.6%,（H/C）比值大于3的菌株比率为9.7%;断面B（H/C）比值大于2.5的菌株比率为42.6%,（H/C）比值大于3的菌株比率为16.8%。我们在断面A一共分离到119株可以产纤维素酶的菌株,这些菌株可以归类为18个属;在断面B分离得到101株产纤维素酶的菌株,这些菌株可以归类为10个属;两个断面主要产纤维素酶的菌属为芽孢杆菌属和小球藻菌属。断面A（H/C）比值大于2的菌株比率为12.99%;断面B（H/C）比值大于2.5的菌株比率为43.75%,分析本次实验的研究结果说明污染排放会改变微生物的群落结构,对功能菌株的多样性和产酶活力产生一定的影响,其中断面B由于受到的环境胁迫压力更大,多样性降低菌属种类相对趋向单一;但为适应胁迫其功能产酶能力却得到了增强。由于微生物具有降解有机质、固定营养元素等能力,在地球的物质化学循环中起着举足轻重的作用。为初步明确水质污染对微生物的多样性和响应机制的影响,本研究通过分离培养、功能性筛选、16S r DNA分类鉴定等方式,对海南省文昌市海草床区微生物多样性和产酶能力进行初步研究。并筛选出具有较高产蛋白酶和纤维素酶能力的菌株,可广泛应用于海南地区养殖业中水质改良、废水处理和益生菌制剂开发等方面。为以后我国南海海洋环境修复、盐碱地改良和海水养殖废水处理等相关工作的开展奠定了基础,具有一定的科学意义。