刺参隶属棘皮动物门(Echinoermata),广泛分布于包括俄罗斯,日本,朝鲜以及中国在内的沿岸海域。目前,我国刺参的养殖产业日渐完善,蓬勃发展,2013年年产量就已超200亿元。刺参的发育、病害防治、育种等方面的研究已经取得了很多成果,但对于刺参分子生物学方面的研究仍然不够完善。刺参背部的疣足作为一个具有呼吸和与外界信息交换的中空锥形肉刺状组织,学者们很早就开始对其进行研究。刺参疣足的数目、排数是重要的经济性状。但目前为止,对刺参疣足的研究大多停留在组织形态学、解剖生物学和功能方面,从分子生物学水平上对刺参疣足的研究比较少见。为获得刺参疣足相关基因,本文选取刺参疣足附近的背部皮肤为对照,利用RNA-Seq技术对刺参(Apostichopus japonicus)疣足组织和皮肤组织两个组织样本的的转录组数据进行研究,得到结果如下:1.应用双端125bp Illumina Hiseq2500测序,在疣足组织和皮肤组织样本中分别得到33,504,127和37,384,685条Raw reads。质量控制后分别有30,657,027条和36,444,908条Clean reads。高质量的Clean reads获得后,组装得到了92,343条Unigenes序列。对Unigene进行功能注释后发现:92,343个Unigenes中,有一个或一个以上注释的Unigenes共有33,584个。经GO分析后,结果显示:在细胞组成中7,056个Unigenes注释在这个类别中;在分子功能中注释到17,347个Unigenes;而生物过程中共注释到17,113个Unigenes。KEGG分析表明,共有10,058个Unigenes得到KEGG的注释,其中涉及到的代谢途径有227个。2.通过对转录组数据进行筛选后得到了1,059个差异表达基因。与刺参皮肤组织相比,在疣足中有739个上调基因,320个下调基因。在1,059个差异表达基因中有288个是在疣足中特异表达的基因,171个为皮肤中特异表达的基因。经过对1,059个差异表达基因的分析,本研究发现了如成纤维细胞生长因子,转录生长因子,胶原蛋白-α2和整合素-α2等可能在疣足生长中发挥作用基因均在疣足组织中呈现高表达趋势。同时,也发现了可能与疣足形态学发育相关的富集通路,如紧密连接和p53信号通路。3.经过对预测到的SNP位点统计,从疣足转录组数据中预测得到了166,572个SNPs,其中包括:95,713个转换型SNPs,70,859个颠换型SNPs。另外,也预测到了12,201个SSRs。从皮肤转录组数据中预测得到了171,480个SNPs和12,149个SSRs。本研究利用RNA-Seq技术进行了刺参疣足组织与皮肤组织的比较转录组学分析,以挖掘刺参疣足生长相关基因,并从分子生物学水平上为进一步了解疣足及皮肤的表观性状分子机制提供了重要指导意义。