CPNE8促胃癌转移的机制探讨以及m6A相关lncRNAs结肠腺癌风险模型的构建

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第一章CPNE8促胃癌转移的机制探讨背景:肿瘤转移是胃癌(gastric cancer,GC)患者预后不佳的最常见原因之一。Copine VIII(CPNE8)在胃癌中的作用和分子机制仍不清楚。本项研究中,我们探索了CPNE8在胃癌中的表达和预后价值,并探索了CPNE8促胃癌转移的作用和作用机制。方法:通过TCGA数据库,我们筛选出与胃癌转移相关的分子CPNE8,利用TCGA和GEO数据库分析了CPNE8在胃癌中的表达以及与临床特征参数的相关性。采用Cox分析和Kaplan-Meier曲线评估了CPNE8的预后价值。通过卡方检验和相关性分析来评估CPNE8在预测免疫应答方面的价值。我们构建了CPNE8稳定过表达和沉默的细胞系,通过CCK8实验、菌落克隆形成实验、Ed U染色实验以及细胞周期检测研究CPNE8对胃癌细胞增殖能力的影响;通过划痕实验和Transwell实验检测CPNE8对胃癌细胞迁移能力和侵袭功能的影响。应用质谱蛋白组学和KEGG功能富集分析筛选出CPNE8作用相关的下游信号通路,通过q RT-PCR和Western blot来验证下游的靶基因,并使用小分子抑制剂进行挽救实验。通过建立小鼠皮下移植瘤模型和肺转移模型来验证CPNE8对胃癌细胞的成瘤能力以及转移能力的影响。最后,我们采用多种算法(EPIC、XCELL、TIDE和MCP-Count算法),研究CPNE8的表达与肿瘤微环境的关系,包括肿瘤相关成纤维细胞(全称CAFs)和肿瘤浸润的免疫细胞。结果:CPNE8在胃癌中高表达且与转移密切相关,可作为一个新的独立预后生物标志物预测胃癌患者的不良结局,并与较差的免疫应答结果相关。CPNE8可以显著促进细胞的增殖能力,细胞周期实验结果表明CPNE8可以促进G1/S期的转换。划痕实验和Transwell实验结果显示过表达CPNE8可以显著提高胃癌细胞的迁移和侵袭能力,而沉默CPNE8则抑制胃癌细胞迁移与侵袭性。体内实验也证实过表达CPNE8能促进皮下肿瘤的生长,而且过表达CPNE8能够促进胃癌肺转移结节的发生。CPNE8的功能显著富集在Focal adhesion信号通路,通过增强FAK和下游靶基因的表达,激活Focal adhesion通路,从而促进了肿瘤进展。这些作用可以被FAK抑制剂GSK2256098所挽救。此外,CPNE8可能参与肿瘤微环境的调控,特别是与活化的肿瘤相关的成纤维细胞明显相关。结论:通过本研究,我们探索了CPNE8在胃癌中的作用和作用机制。我们的研究结果表明,CPNE8可以作为胃癌的一个新的预后生物标志物,通过调控Focal adhesion信号通路和肿瘤微环境,促进肿瘤的生长和转移。第二章m6A相关的lncRNAs结肠腺癌中的风险模型构建背景:结肠腺癌(Colon adenocarcinoma,COAD)是结肠癌中最常见的类型。然而,到目前为止,RNA m6A甲基化修饰相关的长非编码RNAs(lncRNAs)在COAD中的预后价值是未知的。材料和方法:利用TCGA数据库筛选出m6A相关的lncRNAs。单变量和多变量Cox回归分析筛选出预后相关的m6A相关lncRNAs。根据m6A相关lncRNAs的表达进行一致性聚类分析,将COAD患者分为不同的亚组。分析了不同亚组之间潜在的生物学功能以及干细胞指数和肿瘤免疫微环境的差异。有预后价值的m6A相关lncRNAs被用于构建一个m6A相关lncRNA风险模型来预测生存预后状况。结果:我们从TCGA数据中发现了31个具有预后价值的m6A相关的lncRNAs。根据具有预后意义的m6A相关lncRNAs的表达,使用一致的聚类分析将TCGA-COAD患者分为三个群组。三个集群之间的肿瘤干性相关性很低,但与肿瘤免疫微环境以及肿瘤突变负荷有明显的相关性。31个预后相关的m6A相关lncRNAs被用来构建风险模型,并进一步通过Kaplan Meier曲线、ROC曲线、单变量和多因素Cox分析,确定该m6A相关的风险模型对结肠腺癌患者具有良好的预测性。基于风险模型的高风险组与低风险组相比,总生存期(overall survival,OS)较差。结论:在这项研究中,我们构建了一个结肠腺癌风险模型,该模型包括31个与m6A相关的具有独立预后价值的lncRNAs。我们的研究表明这31个m6A相关的lncRNAs在肿瘤免疫微环境中的关键作用,为COAD的预后分析和免疫治疗策略提供新的研究方向。
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